Новости онкологии

05.02.2021

Тройной негативный рак молочной железы: от генетики до лечения

Введение

Тройной негативный рак молочной железы (ТНРМЖ) относится к подгруппе рака молочной железы (РМЖ), характеризующейся отсутствием эстрогеновых рецепторов (ЭР), прогестероновых рецепторов (ПР) и рецепторов эпидермального фактора роста человека 2 типа (HER2). На долю ТНРМЖ приходится 15-20% всех случаев РМЖ; ТНРМЖ чаще встречается у молодых женщин, пациенток африканского и латиноамериканского происхождения и носительниц герминальных мутаций [1].

Опорные исследования определения молекулярного профиля опухолей с применением микрочипов ДНК позволили выделить пять внутренних подтипов РМЖ [2]. Хотя на основании результатов иммуногистохимических (ИГХ) исследований подгруппа ТНРМЖ считается единым целым, молекулярное профилирование выявило неожиданно высокий уровень неоднородности. 50-75% ТНРМЖ имеют базальный фенотип (БРМЖ), характеризующийся экспрессией генов нормальных базальных и миоэпителиальных клеток [2, 3]. Аналогичным образом, около 80% БРМЖ являются ЭР-негативными и HER2-негативными [4]. Хотя термины ТНРМЖ и БПМЖ часто используются взаимозаменяемо, не все БРМЖ, определенные с помощью профилирования экспрессии генов (ПЭГ), лишены ЭР, РО и HER2, и, наоборот, не все ТНРМЖ демонстрируют базальноподобный фенотип [5-8]. Кроме того, был идентифицирован еще один подтип, а именно с низкой экспрессией клаудина, характеризующийся активной инфильтрацией стромы и экспрессией генов, ответственных за эпителиально-мезенхимальный переход, (ЭМП) и генов иммунного ответа [9], хотя исследование, которое предоставило данную информацию, включало ограниченное количество образцов ТНРМЖ. Недавно среди опухолей с низкой экспрессией клаудина были выделены дополнительные гистологические варианты с метаплазией, характеризующиеся более низкими уровнями геномной нестабильности, мутационной нагрузки и драйверных (т.е., способствующих развитию злокачественного фенотипа) аберраций, способных стать терапевтическими мишенями. Хотя последнее исследование выявило, что подтип с низкой экспрессией клаудина связан с неблагоприятным прогнозом [10], неоднородность этих исследований требует дополнительных доказательств с тем, чтобы полностью выяснить, может ли сам по себе подтип с низкой экспрессией клаудина иметь прогностическое значение.

Дальнейшие данные продемонстрировали, что ТНРМЖ не является единым заболеванием, а охватывает множество подтипов с выраженной гистопатологической, транскриптомной и геномной неоднородностью. Тем не менее, при ТНРМЖ назначалось однотипное лечение, включавшее химиотерапию. Использование разнообразия ТНРМЖ может помочь выявить новые пути, способные стать терапевтическими мишенями. Несмотря на определенные усилия, эти молекулярные классификации остались чисто теоретическими и не используются в клинической практике. Интересно отметить, что среди подтипов ТНРМЖ были идентифицированы генетические изменения, являющиеся потенциальными мишенями для прицельного воздействия. В данной статье обобщаются основные доказательства, которые определяют транскриптомную и геномную неоднородность ТНРМЖ. Кроме того, выделяются текущие и новые методы лечения подтипов ТНРМЖ, основанные на определении биомаркеров, и описываются наиболее распространенные механизмы резистентности к одобренным средствам терапии ТНРМЖ. Наконец, обсуждаются проблемы и возможные будущие направления в разработке лекарственных средств на основе использования биомаркеров при ТНРМЖ, что может привести к созданию практической классификации этого подтипа РМЖ.

Неоднородность опухолей ТНРМЖ: сложный вопрос без ответа

Существует несколько гистологических вариантов ТНРМЖ, включая низкодифференцированный рак, рак с наличием элементов метаплазии, медуллярных признаков и лимфоцитарной инфильтрации стромы [11-16]. Несмотря на это, спектр ТНРМЖ также включает новообразования низкой степени злокачественности. Несмотря на свою редкость, эти варианты низкой степени злокачественности варьируют от опухолей с отсутствием или неопределенностью метастатического потенциала до инвазивных карцином. Несколько исследований продемонстрировали, что можно выделить как минимум две подгруппы ТНРМЖ низкой степени злокачественности, включая семейство ТНРМЖ низкой степени злокачественности (микрогландулярный аденоз, атипичный микрогландулярный аденоз и ациноклеточный рак) и опухоли молочной железы, сходные по морфологическим признакам с опухолями слюнных желез [17]. Интересно, что последние характеризуются морфологическими особенностями, сходными с опухолями слюнных желез, и часто их развитие запускается специфическими генетическими изменениями, такими как аденокистозная и секреторная карциномы, в основе которых лежит образование химерных гибридов MYB-NFIB и ETV6-NTRK3 соответственно [18, 19].

Помимо гистопатологических различий, ТНРМЖ демонстрирует большую неоднородность также на транскриптомном уровне. В эпохальном исследовании Lehmann и соавт. [20] было идентифицировано семь кластеров ТНРМЖ, а именно базальноподобный 1 (BL1), базальноподобный 2 (BL2), иммуномодуляторный (IM), мезенхимальный (M), мезенхимальноподобный (MSL), люминальный/андрогенрецепторный (LAR) и неклассифицируемый (UNS). Среди базальных подтипов BL1 характеризуется высокой экспрессией регуляторов клеточного цикла и белков путей, активируемых в ответ на повреждение ДНК, тогда как BL2 демонстрирует высокие уровни фактора роста и компонентов метаболических путей, а также повышенную экспрессию миоэпителиального маркера. Подтип IM характеризуется процессами иммунных клеток и каскадами иммунных сигналов. Хотя подтипы M и MSL весьма сходны на транскриптомном уровне и характеризуются дополнительным присутствием генов, связанных с подвижностью клеток и ЭМП, подтипы MSL демонстрируют более низкую экспрессию генов, связанных с пролиферацией клеток, и наличием дополнительных генов, связанными с мезенхимальными стволовыми клетками. Наконец, при подтипе LAR наблюдается экспрессия генов, характерная для люминального РМЖ, несмотря на ЭР-негативность. Хотя Lehmann и соавт. [20] представили доказательства осуществимости концепции персонализированной терапии ТНРМЖ, дальнейшие исследования не продемонстрировали прогностическую ценность этих подтипов [21]. В последующих исследованиях [21-25] были уточнены молекулярные кластеры ТНРМЖ для четырех специфических подтипов опухолей, для каждого из которых характерны различные ПЭГ, ответ на стандартное лечение и прогноз. Эти достижения стали возможны в основном благодаря применению «мультиомной» стратегии профилирования и изучения геномики, транскриптомики, протеомики, метаболомики и межклеточных взаимодействий на уровне отдельных клеток (single-cell analysis), которые позволяют предотвратить контаминацию образцов лимфоцитами, инфильтрирующими опухоль (ЛИО), и другими компонентами микроокружения опухоли [26, 27].

Наряду с транскрипционной неоднородностью ТНРМЖ также характеризуется сложными геномами, обусловленными высокой генетической нестабильностью и сложными моделями вариаций числа копий и хромосомных перестроек [28-32]. При ТНРМЖ определяют небольшое количество генов, подверженных повторным мутациям (highly recurrently mutated genes) с частыми соматическими мутациями генов-супрессоров опухолей; примерами таких генов являются TP53 и гомолог фосфатазы и тензина (PTEN). Напротив, драйверные изменения в генах пути фосфоинозитид-3-киназы (PI3K) / AKT, включая мутации PIK3CA, были описаны примерно в 10% случаев [28]. Кроме того, геномный анализ образцов остаточной опухоли ТНРМЖ после неоадъювантной химиотерапии выявил по крайней мере одно генетическое изменение с потенциальной возможностью прицельного воздействия [33]. Недавно Bareche и соавт. [34] описали геномные изменения, характерные для каждого молекулярного подтипа ТНРМЖ. Опухоли BL1 имеют высокий уровень хромосомной нестабильности, высокую частоту мутаций TP53 (92%), увеличение числа копий и амплификации PI3KCA и AKT2, а также делеции в генах, участвующих в механизмах репарации ДНК. Напротив, подтип LAR характеризуется более высокой мутационной нагрузкой и высокой частотой мутаций генов PI3KCA, AKT1 и CDH1. Мезенхимальный и MSL подтипы связаны с более высоким показателем сигнатур экспрессии для генов ангиогенеза. Как и ожидалось, группа IM продемонстрировала высокие уровни экспрессии сигнатур, связанных с иммунным ответом, и генов-ингибиторов контрольных точек, включая гликопротеин цитотоксических T-лимфоцитов 4 (CTLA-4), белок запрограммированной гибели клеток-1 (PD-1) и лиганд PD-1 (PD-L1). Такое повышение экспрессии сигнатур иммунного ответа, характерное для IM опухолей, может быть связано с контаминацией иммунным инфильтратом [22]. Следует отметить, что подтип LAR был связан с наихудшим прогнозом, тогда как подтип IM характеризовался лучшим прогнозом [34]. Кроме того, важно подчеркнуть, что, когда Bareche с соавт. попытались воспроизвести классификацию ТНРМЖ по Lehmann, более стабильными подтипами оказались BL1, IM, LAR, M и MSL. С другой стороны, подтипы BL2 и UNS воспроизвести не удавалось, как уже отмечалось в предыдущих исследованиях [21, 35].

Учитывая большую геномную сложность и неоднородность [28-31], анализ единичного генетического изменения может не дать информации о мутационных процессах, инициирующих развитие ТНРМЖ. Соответственно, применение математических моделей и вычислительных платформ позволило расшифровать и идентифицировать мутационные сигнатуры [36-38]. Путем анализа особенностей однонуклеотидных вариантов опорные исследования привели к идентификации двух мутационных сигнатур, которые соответствовали активности семейства дезаминаз APOBEC (аполипопротеин B мРНК-редактирующий фермент, каталитический полипептид 3). Активность ферментов APOBEC играет центральную роль в онкогенезе, приводя к субклональной экспансии и внутриопухолевой неоднородности некоторых опухолей [39]. При РМЖ роль APOBEC-ассоциированного мутагенеза широко изучалась при ЭР-положительном заболевании [40], тогда как информация о ТНРМЖ ограничена. Следовательно, необходимы дополнительные исследования для полного выяснения прогностического и терапевтического значения мутационных сигнатур при ТНРМЖ.

Наконец, гистопатологическая и геномная характеристика биопсийных образцов опухоли может иметь несколько недостатков, включая ограниченную репрезентативность всего репертуара опухолевых мутаций и его неоднородность, технические проблемы обработки тканей и выявления мутаций, а также низкую осуществимость в некоторых клинических ситуациях [41]. В связи с этим была внедрена методика, получившая название «жидкой биопсии», для идентификации и количественного определения фракций опухоли, высвобождаемых в периферическую кровь, включая количественную оценку циркулирующих опухолевых клеток (ЦОК), экзосом и циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК) [42]. Различные исследования продемонстрировали, что жидкая биопсия, основанная на определении ЦОК и цоДНК, позволяет в режиме реального времени отслеживать развитие заболевания и выявлять пациентов с высоким риском его рецидива и неблагоприятным прогнозом [43-45]. При ТНРМЖ полногеномное профилирование на основе цоДНК продемонстрировало свою информативность для характеристики опухолеспецифических изменений, а также для определения прогноза у пациента [46-48]. Принимая во внимание, что эти наблюдения основаны главным образом на ретроспективном и дополнительных анализах, необходимы дальнейшие проспективные исследования по оценке новых методов лечения с сопоставлением с результатами оценки изменений генома методом жидкой биопсии.

Терапия, основанная на определении биомаркеров при ТНРМЖ

В истории изучения ТНРМЖ было предпринято несколько попыток идентифицировать биомаркеры, способные оптимизировать отбор пациентов и спрогнозировать ответ на стандартные и инновационные методы лечения. Открытие и внедрение в клиническую практику новых лекарственных средств, применяемых на основе оценки биомаркеров, имеет важное значение для расшифровки множества механизмов резистентности опухоли, приводящих к ухудшению прогноза у пациентов с ТНРМЖ.

Воздействие на гормональные рецепторы при ТНРМЖ: андрогенный путь

Опорные исследования ТНРМЖ привели к идентификации подтипа LAR [20-22]. Опухоли, позитивные по андрогенным рецепторам (АР), составляющие 10-15% всех случаев ТНРМЖ, характеризуются низким уровнем пролиферативной активности и люминальноподобным профилем экспрессии генов, и по своей природе резистентны к химиотерапии [20-23, 34, 49]. В то же время, экспрессия АР по данным ИГХ не предполагает худшего прогноза [50]. АР – это активируемый лигандом фактор транскрипции, который оказывает геномное и негеномное воздействие на клетки, вовлекая различные внутриклеточные сигнальные пути, активируя пролиферацию и инвазивный рост опухоли [51, 52].

АР был определен как перспективная мишень для лечения ТНРМЖ, что стало причиной клинического применения антиандрогенных препаратов. Как правило, влияние на андрогенные рецепторы можно быть достигнуто с помощью прямых блокаторов АР. Нестероидный ингибитор АР бикалутамид был изучен в исследовании II фазы [53], в котором участвовали пациенты, ранее получавшие лечение по поводу метастатического АР-позитивного ТНРМЖ, с использованием минимального порога экспрессии по данным ИГХ, равного 10%. Исследование не продемонстрировало какого-либо благоприятного эффекта препарата, соответствующего частоте клинической пользы (ЧКП), равной 18%, и медиане выживаемости без прогрессирования заболевания (мВБП), равной 12 неделям. Основываясь на возможности преодолеть приобретенную резистентность к антиандрогенным препаратам, возникшую в цитоплазматических и ядерных путях передачи сигнала АР, нестероидный антиандрогенный препарат энзалутамид был изучен в исследовании II фазы у пациентов, ранее получавших лечение по поводу ТНРМЖ, с долей окрашенных ядерных АР >0% [54]. ЧКП и мВБП в общей популяции составили 25% и 2,9 месяца соответственно. Интересно, что опухоли ТНРМЖ с уровнем экспрессии АР более 10%, в которых дополнительно определяют генную сигнатуру, связанную с активацией сигнального пути АР, оказались более чувствительными к энзалутамиду (мВБП = 32 по сравнению с 9 неделями) [55]. Клинический опыт применения стероидного ингибитора андрогенеза абиратерона оказался сходным с таковым для энзалутамида при АР 10% и более, что привело к значению мВБП 2,8 месяца и ЧКП 20% [56].

При совокупном рассмотрении эти данные свидетельствуют о достаточно узкой категории пациентов ТНРМЖ, у которых можно ожидать пользу применения блокаторов. Хотя андрогенная блокада продемонстрировала свою потенциальную значимость при АР-положительном ТНРМЖ, предиктивная роль одной только экспрессии АР нуждается в более подробной характеристике. Соответственно, более глубокое подавление андрогенного пути или деградация АР может повысить противоопухолевую активность, и эта возможность изучается в текущих клинических исследованиях (таблица 1). Более того, совместное целенаправленное воздействие на возможные механизмы ускользания по альтернативным путям, связанным с резистентностью к антиандрогенной терапии, может представлять собой перспективную стратегию лечения, что подтверждено применением ингибиторов циклинзависимой киназы (CDK) 4/6 и блокаторов PI3K при ЭР-позитивном РМЖ [57, 58]. Принимая во внимание, что подтип LAR продемонстрировал высокую чувствительность к ингибированию CDK 4/6 в доклинических моделях [59], а также более высокую мутационную нагрузку и повышенную частоту мутаций сигнальных белков пути PI3K [34, 60, 61], в настоящее время продолжаются клинические исследования применения селективных ингибиторов CDK 4/6 и PI3K в комбинации с новыми антиандрогенными средствами (таблица 1).

Таблица 1. Некоторые продолжающиеся клинические исследования фазы II или III при ТНРМЖ.

1. Терапия геном ИЛ-2 относится и к переносимому аденовирусом гену ИЛ-12. L-NMMA, NG-монометил-L-аргинин, ингибитор синтазы оксида азота. Фамитиниб, мультитаргетный ингибитор тирозинкиназных рецепторов - рецептора с-Kit, рецепторов 2 и 3 фактора роста эндотелия сосудов, рецептора фактора роста тромбоцитов и FMS-подобных тирозинкиназ Flt1 и Flt3. M-CSF, макрофагальный колониестимулирующий фактор. pCR, полный патоморфологический ответ. Тавокиноген Телсеплазмид представляет собой плазмиду аДНК, которая кодирует гены субъединиц p35 и p40 гетеродимерного белка интерлейкина 12 человека (hIL-12).
2. PLK4 – поло-подобная киназа 4, IL1RAP – вспомогательный белок рецептора интерлейкина 1, pCR – полный патоморфологический ответ, DDR – репарация ДНК.
3. # Стандартный неоадъювантный режим терапии антрациклинами и таксанами.
4. ## nab-паклитаксел, карбоплатин, доксорубицин/эпирубицин и циклофосфамид.
5. ** Зонтичное исследование, оценивающее эффективность и безопасность нескольких комбинаций препаратов на основе иммунотерапии.

Уточнение выбора биомаркера для прицельного воздействия на путь PI3K-AKT-mTOR

При злокачественных опухолях часто отмечается нарушение регуляции пути PI3K-AKT-mTOR (PAM), способствующее пролиферации клеток и онкогенезу. Активация пути PAM может возникать вследствие онкогенной активации рецепторов факторов роста и прямой онкогенной активации белков PAM или их регуляторов, включая PTEN и инозитолполифосфат-4-фосфатазу (INPP4B) [62].

PIK3CA – один из наиболее часто мутирующих генов при ТНРМЖ (примерно в 10% случаев), его мутации с высокой частотой встречаются в базальноподобных и LAR подтипах [24, 25, 28-34, 36, 63]. Примечательно, что при метастатическом ТНРМЖ с наличием мутаций PIK3CA, по-видимому, отмечается лучшая общая выживаемость (ОВ), чем при опухолях с диким типом данного гена. Однако такое наблюдение можно отчасти объяснить увеличением количества мутаций PIK3CA при люминальном РМЖ, который утрачивает экспрессию ЭР при метастазировании [63]. Кроме того, мутации с потерей функции PTEN и INPP4B были описаны примерно в трети случаев ТНРМЖ, в частности, при БРМЖ, при котором гетерозиготная потеря функции PTEN была выявлена в >45% случаев [28].

Несмотря на ключевую роль в онкогенезе, внедрение в клиническую практику лекарственных средств, нацеленных на молекулы PAM, пока привело к неутешительным результатам. Считается, что регуляция отдельных нижестоящих эффекторов может активировать неконтролируемые петли обратной связи, связанные с резистентностью. С другой стороны, комбинация нескольких препаратов, направленных против молекул PAM, часто приводила к развитию неприемлемой токсичности (в основном при использовании ингибиторов mTOR и pan-PI3K) [64, 65]. Таким образом, были высказаны аргументы в пользу отбора на основе биомаркеров и применения более селективных ингибиторов. В исследовании I/II фазы с участием пациенток с HER2-отрицательным РМЖ [66] применение α-селективного ингибитора PI3K алпелисиба в комбинации с наб-паклитакселом обеспечило наибольший благоприятный эффект в популяции пациентов с опухолями с наличием мутаций PIK3CA (мВБП = 13 месяцев). Сходные результаты были получены в рандомизированном исследовании II фазы LOTUS, в котором применение ингибитора AKT ипатасертиба в комбинации с паклитакселом обеспечило значимый благоприятный эффект у пациентов с изменениями PIK3CA/AKT1/PTEN [67, 68]. Аналогичным образом рандомизированное исследование II фазы PAKT подтвердило улучшение показателей ВБП и ОВ в популяции пациентов с наличием биомаркеров (PIK3CA/AKT1/PTEN), получавших ингибитор AKT капивасертиб в дополнение к химиотерапии первой линии [69].

Ввиду преобладания изменений PAM дальнейшие шаги по определению терапевтической мишени при ТНРМЖ в соответствии с биомаркером приведут к более глубокому пониманию активируемых обходных путей и биологических последствий нарушения регуляции PAM и его фармакологического ингибирования. С этой точки зрения исследуются комбинированные подходы с применением ингибиторов АР, CDK 4/6 и двойных ингибиторов PI3K/mTOR (таблица 1). Кроме того, учитывая метаболическую функцию передачи сигналов через путь PAM в инсулиновом ответе, было высказано предположение о том, что реактивация инсулиновой обратной связи, индуцированная ингибиторами PI3K, может повторно активировать ось передачи сигналов PI3K-mTOR в опухолях, снижая тем самым эффективность лечения [70]. Соответственно, медицинское вмешательство, способное снизить секрецию инсулина, могло бы повысить эффективность ингибиторов PI3K, например, за счет переключения метаболического использования питательных веществ на кетогенный профиль [71]. Несмотря на предварительный характер данных, эти результаты подтверждают возможное синергическое действие средств, влияющих на PAM, и диетических вмешательств, как это было изучено в нескольких клинических исследованиях [72].

Путь митоген-активируемой протеинкиназы

Каскады митоген-активируемой протеинкиназы (MAPK) – это тонко контролируемый путь передачи сигнала, состоящий из фосфосерин/треониновых киназ, который опосредует клеточный ответ на внешние сигналы [73]. Путь включает последовательное фосфорилирование нескольких молекул (Erk, Mek и Raf) и тонко регулируется белками ГТФ-азы, включая белки RAS.

Изменения генов, кодирующих компоненты пути MAPK, включая KRAS, BRAF и MEK1/2, описаны менее чем в 2% случаев ТНРМЖ [28]. Однако более часто сообщалось о соматических изменениях регуляторных белков, которые вносят вклад в онкогенную дисрегуляцию пути MAPK, таких как негативный регулятор ERK1/2 и JNK1/2 протеинфосфатаза 4 двойной специфичности (DUSP4) [33, 74]. При ТНРМЖ регуляция MAPK продемонстрировала свой потенциал в плане терапевтической мишени, подавляя избыточные пути, сходящиеся в каскаде. Например, было продемонстрировано, что гиперэкспрессия рецептора эпидермального фактора роста (EGFR) активирует передачу сигналов по Ras/MAPK, являясь перспективной терапевтической мишенью [75]. Однако ни моноклональные антитела (мАт), ни ингибиторы тирозинкиназы (ИТК), нацеленные на EGFR, не продемонстрировали значимой активности при ТНРМЖ в исследованиях II/III фазы [76-81]. В качестве причин клинической неэффективности анти-EGFR препаратов при ТНРМЖ могут быть предложены некоторые возможные объяснения [82]. Во-первых, передача сигналов EGFR может изменяться во время прогрессирования заболевания, с низкой экспрессией EGFR в метастатических клетках, несмотря на гиперэкспрессию в первичной опухоли [83]. Во-вторых, значимое взаимодействие между EGFR и другими онкогенными сигнальными путями (пути MET, PI3K/mTOR и MEK) может сделать клетки ТНРМЖ внутренне резистентными к EGFR-специфическому ингибированию. Таким образом, продолжаются дальнейшие исследования новых ИТК [84], а также новых стратегий комбинированного лечения.

Кроме того, учитывая центральную роль нарушения регуляции MAPK в онкогенезе РМЖ, изучалась возможность прицельного воздействия на MEK у пациентов с ТНРМЖ с помощью селективного ингибитора кобиметиниба в исследовании II фазы COLET. Добавление кобиметиниба к паклитакселу в качестве лечения первой линии также не привело к значимому улучшению мВБП [85]. Интересно, что поисковый анализ биомаркеров продемонстрировал потенциальный иммуномодулирующий эффект кобиметиниба в увеличении иммунной инфильтрации в микроокружении опухоли [86]. На основании предварительных признаков активности в PD-L1-позитивной популяции была спланирована 2 я часть исследования COLET для изучения комбинации кобиметиниба, наб-паклитаксела и атезолизумаба [87]. В недавнем исследовании одновременное ингибирование MEK и семейства белков BET, содержащих бромодомены и экстратерминальный домен, продемонстрировало синергическую активность в доклинических моделях ТНРМЖ, гиперэкспрессирующих онкоген MYCN, ассоциированный с нейроэндокринными опухолями [88], что дает основание для изучения этой комбинации у пациентов с MYCN-положительным ТНРМЖ.

По аналогии с другими компонентами пути MAPK, соматические мутации BRAF были зарегистрированы менее чем в 1% случаев РМЖ [89]. Хотя конкретных данных о пациентах с ТНРМЖ нет, убедительные доказательства свидетельствуют о потенциальном положительном клиническом эффекте в результате ингибирования BRAF в опухолях с мутациями V600E BRAF [90, 91]. В целом, доказательства подтверждают концепцию о том, что фармакологическое воздействие на MAPK при ТНРМЖ может быть эффективным, когда имеет место нарушение регуляции пути MAPK, обычно при геномных изменениях его регуляторов. Таким образом, в продолжающихся исследованиях изучается возможность целенаправленного воздействия на MAPK с помощью отдельных лекарственных средств у отобранных с помощью биомаркеров пациентов с нарушениями регуляции MAPK, такими как экспрессия DUSP4 [92], а также потенциального иммуностимулирующего эффекта за счет фармакологического ингибирования пути Ras/MAPK [93] (таблица 1).

Настройка механизмов репарации посредством гомологичной рекомбинации и ее регуляторов: парадигма BRCAness

Дефекты в механизмах репарации двухцепочечных разрывов ДНК (дцДНК) характерны для ТНРМЖ; они возникают в результате либо герминальных, либо соматических мутаций в BRCA1/2 и других генах, участвующих в репарации ДНК [94]. Герминальные мутации в BRCA1/2 встречаются примерно у 10% пациенток с ТНРМЖ и увеличивают риск развития РМЖ на протяжении жизни до 60-70% [95-97]. Примечательно, что мутации BRCA1 обычно наблюдаются при базальноподобном фенотипе РМЖ [98]. Ключевой особенностью BRCA1/2-мутантного ТНРМЖ является дефицит репарации посредством гомологичной рекомбинации (РГР), вследствие чего критически важное значение для поддержания целостности генома приобретают другие механизмы репарации ДНК. Подобно BRCA1/2, дефицит гомологичной рекомбинации (ДГР) может возникать в результате утраты нескольких белков, что способствует приобретению BRCA-подобного фенотипа (также определяемого как BRCAness) [99]. Этот термин был введен для определения ситуации, в которой дефект РГР существует в опухоли в отсутствие герминальной мутации BRCA1/2, что обеспечивает чувствительность к ингибиторам поли АДФ-рибозо-полимеразы (PARP) на основе принципа синтетической летальности [99-101]. Компьютерное моделирование данных секвенирования позволило выявить дополнительные опухоли с соматической потерей или функциональным дефицитом BRCA1/2, в которых не было обнаружено мутаций, потенциально увеличивая популяцию пациентов с РМЖ, поддающуюся воздействию ингибиторов PARP [102].

На основании результатов клинических исследований применения олапариба, талазопариба и велипариба при метастатическом РМЖ, в настоящее время герминальные патогенетические мутации BRCA1/2 являются единственными клинически подтвержденными биомаркерами чувствительности к ингибиторам PARP (таблица 2) [103-106]. Кроме того, у пациентов с опухолями, несущими патогенные мутации BRCA, был продемонстрирован более существенный положительный эффект в результате применения цитотоксических средств, целенаправленно воздействующих на ДНК, как это было продемонстрировано в исследовании III фазы TNT, в котором сравнивали доцетаксел с карбоплатином в качестве первой линии терапии метастатического ТНРМЖ [107]. В предварительно определенном анализе взаимодействия биомаркера и лечения была оценена прогностическая роль герминальных мутаций BRCA и изменений BRCAness, включая соматическое метилирование BRCA1 и мутационную сигнатуру ДГР (согласно анализу Myriad) [107]. С одной стороны, герминальный мутационный статус BRCA позволял спрогнозировать ответ на лечение карбоплатином с удвоенной общей частотой ответов, однако с другой стороны, с помощью других предложенных биомаркеров выявить различия не удавалось. Примечательно, что у пациентов с фенотипами опухолей, отличными от базальноподобных (согласно PAM [50]), наблюдали более значительный положительный эффект в результате применения доцетаксела. По-видимому, благоприятный эффект, отмеченный при использовании соединений платины, применим к другим средствам с целенаправленным действием на ДНК, включая антрациклины, как это было продемонстрировано в исследовании INFORM, в котором сравнивали доксорубицин и цисплатин в рамках неоадъювантной терапии [108]. В этом исследовании монотерапия соединением платины не улучшила частоту достижения полного патоморфологического ответа (пПО) по сравнению с доксорубицином в комбинации с циклофосфамидом. Результаты прямых сравнений различных препаратов свидетельствуют о том, что отбор пациентов, основанный на выявлении ДГР, может в равной степени спрогнозировать благоприятный эффект от применения средств, разрушающих ДНК, независимо от их фармакологического класса. В исследовании II фазы GeparOLA оценивали эффективность неоадъювантной терапии паклитакселом и олапарибом по сравнению с паклитакселом и карбоплатином у пациентов с ДГР: в целом исследование не выявило различий по показателю пПО [109]. Наконец, применение комбинации ингибитора PARP и карбоплатина не привело к синергическому действию в разных клинических ситуациях, не обеспечивая никакого или обеспечивая незначительное дополнительное клиническое преимущество, которое одновременно сопровождалось повышением токсичности [110, 111].

Таблица 2. Основные результаты исследований II/III фазы
по оценке применения ингибиторов PARP при раке молочной железы.

1. AC – доксорубицин + циклофосфамид, ХТ – химиотерапия, gBRCA – герминальная мутация BRCA, HRD – показатель недостаточности гомологичной рекомбинации, iDFS – выживаемость без признаков инвазивного заболевания, мес., ЧОО – частота объективного ответа, pCR – полный патоморфологический ответ, ВБП – выживаемость без прогрессирования, ОВ – общая выживаемость, tBRCA – соматическая мутация BRCA, TPC – лечение химиотерапией по выбору врача.

Расширение концепции BRCAness за пределы BRCA означает углубление идентификации и изучение ключевых регуляторных механизмов РГР с целью разработки биомаркеров-предикторов ответа для лекарственных средств, вызывающих разрывы ДНК, и выявления новых фармакологических мишеней. В качестве возможных модуляторов BRCAness, потенциально расширяющих спектр ДНК-таргетирования и чувствительности к ингибиторам PARP, у большей части пациенток с РМЖ, были предложены ATR и последующие эффекторы в пути передачи сигнала (например, CHK1, WEE1, Aurora A, Polo-подобная киназа 1). Эти эффекторы, по-видимому, связывают контроль клеточного цикла и ответ на повреждение ДНК – два часто нарушенных механизма, лежащих в основе онкогенеза. Сообщалось о предварительных результатах, полученных для селективного ингибитора киназы Aurora A алисертиба в комбинации с паклитакселом [112] и ингибитора киназы Aurora A ENMD-2076 [113], в исследованиях I фазы. Аналогичным образом, исследование комбинированного лечения при ТНРМЖ с заранее заданным расширением когорты пациентов с наличием мутации BRCA, в котором оценивали эффективность ATR-блокатора M6620 в комбинации с цисплатином, продемонстрировало обнадеживающие предварительные результаты [114]. Единственным предполагаемым биомаркером, обнаруженным для модулятора РГР, прицельно воздействующего на CHK1 (GDC-0425), является мутация TP53; данный препарат изучали в качестве средства, усиливающего эффект химиотерапии у пациентов с солидными опухолями, включая ТНРМЖ [115].

На данный момент нет клинического опыта применения нескольких модуляторов РГР, клинические исследования продолжаются. Для оценки потенциальной роли в прогнозировании пользы химиотерапии и ингибиторов PARP ДГР была предложена для клинических исследований с дизайном, предполагающим включение пациентов на основании анализа биомаркера, с применением ингибитора PARP в качестве монотерапии и других модуляторов ответа на повреждение ДНК в виде монотерапии или в комбинации (таблица 1). Кроме того, доклинические доказательства потенциальной роли блокады PI3K в определении фенотипа BRCAness при BRCA1/2-профицитном ТНРМЖ [116] потенциально могут увеличить популяцию пациенток c РМЖ, в которой, вероятно, будет достигнут благоприятный эффект от применения ингибиторов PARP. Тем не менее, исследование I фазы, в котором изучали комбинацию бупарлисиба и олапариба, продемонстрировало скромные результаты с точки зрения эффективности со значимой дополнительной токсичностью [117]. Наконец, данные доклинических исследований продемонстрировали потенциальную иммуномодулирующую активность ингибиторов PARP, включая активацию PD-L1 в опухолевых клетках и активацию путей иммунного ответа, таких как STING [118-120], что привело к планированию клинических исследований комбинации ингибиторов PARP и ингибиторов контрольных точек иммунного ответа [121, 122]. В настоящее время также исследуются другие средства, нацеленные на белки репарации ДНК, в комбинации с иммунотерапией (таблица 1).

На пути к точной иммунотерапии ТНРМЖ

Картина клинической разработки иммунотерапевтических препаратов для применения при ТНРМЖ сложна и широка. Учитывая ключевую роль иммунной системы во влиянии на эффект стандартной химиотерапии и прогноз при ТНРМЖ [123-126], было проведено несколько исследований по изучению ингибиторов контрольных точек, нацеленных на PD-1/PD-L1, продемонстрировавших ограниченную активность при их использовании в качестве монотерапии и многообещающие результаты в комбинации с химиотерапией (таблица 3) [127-134]. В исследовании III фазы IMpassion130, в котором изучали комбинацию атезолизумаба с наб-паклитакселом в качестве первой линии при метастатическом раке, была установлена потенциальная роль иммунотерапии у пациентов с PD-L1-позитивным ТНРМЖ, определяемым как ≥1% иммунных клеток, инфильтрирующих опухоль, на основании ИГХ анализа SP142 [135, 136].

Таблица 3. Основные результаты клинических исследований применения
ингибиторов контрольных точек в качестве монотерапии или в комбинации с химиотерапией
при распространенном/метастатическом тройном негативном раке молочной железы.

1. ВБП и ОВ выражены в виде медианы (95% доверительный интервал) в месяцах.
2. ВБП – выживаемость без прогрессирования, ОВ – общая выживаемость, NR – не достигнуто, ОК – опухолевые клетки, ИК – иммунные клетки, НД – недоступно.

На сегодняшний день PD-L1 является единственным биомаркером, применяемым в клинической практике для отбора пациентов, которые с большей вероятностью будут отвечать на лечение ингибиторами PD-1/PD-L1. Однако определение «PD-L1-позитивной» популяции в клинической практике остается сложной задачей. Даже хотя анализ биомаркеров в исследовании IMpassion130 продемонстрировал корреляцию между экспрессией PD-L1 на опухолевых и иммунных инфильтрирующих клетках, все же могут возникать вопросы по применению ИГХ анализа и определению оптимального порога «позитивности». При сравнении количественного анализа SP142 с другими коммерчески доступными антителами 22C3 (выраженным как процент положительного окрашивания на PD-L1 жизнеспособных клеток или оценка доли опухоли) и SP263 (окрашивание PD-L1 в иммунных и опухолевых клетках) оба последних метода были способны выявить больше пациентов с PD-L1-положительными опухолями [137]. Напротив, в исследовании IMpassion130 у пациентов, определенных как «PD-L1-положительные» по клонам 22C3 и SP263, отмечалась более низкая эффективность по показателям ВБП и ОВ, чем по SP142. Кроме того, несмотря на клиническое применение PD-L1 в качестве клинически полезного биомаркера, были высказаны опасения по поводу широкого применения экспрессии PD-L1 для отбора пациентов. Как динамический биомаркер, PD-L1 может по-разному экспрессироваться в первичной опухоли и в метастазах, а ответы на терапию также наблюдаются у PD-L1-негативных пациентов [138].

При раннем ТНРМЖ роль PD-L1 становится особенно спорной. В исследовании III фазы KEYNOTE-522 добавление пембролизумаба к схеме неоадъювантной терапии с использованием антрациклина, таксана и препарата платины повысило частоту достижения пПО (64,8% по сравнению с 51,2%) [139] независимо от экспрессии PD-L1 [140]. В другом исследовании неоадъювантной терапии III фазы (NeoTRIPaPDL1) добавление атезолизумаба к карбоплатину и наб-паклитакселу не привело к улучшению пПО по сравнению со стандартной монохимиотерапией [141]. Следует отметить, что поисковый анализ определил экспрессию PD-L1 как наиболее надежный предиктор ответа на комбинированную иммунохимиотерапию. Эти противоречивые результаты можно частично объяснить разными схемами химиотерапии. Как подчеркивается в исследовании TONIC [142], использование антрациклина или соединения платины в качестве индукционной химиотерапии может создать более благоприятное микроокружения опухоли и повысить частоту достижения пПО при неоадъювантной блокаде PD-1 при ТНРМЖ.

В целом, PD-L1 по-прежнему является субоптимальным биомаркером для правильного отбора пациенток с ТНРМЖ для лечения на основе иммунотерапии. Поэтому были предложены и в настоящее время изучаются дополнительные биомаркеры [143].

Мутационная нагрузка опухоли стала биомаркером повышения выживаемости у онкологических больных, получающих ингибиторы контрольных точек [144, 145]. Однако доступны ограниченные данные о значимости мутационной нагрузки при РМЖ, также с учетом низкой доли гипермутированных случаев РМЖ [146]. Недавнее исследование у пациентов с метастатическим ТНРМЖ, получавших ингибиторы контрольных точек, продемонстрировало, что высокая МНО (≥6 мутаций на мегабазу) была значимо связана с более продолжительной ВБП, но не с улучшением ОВ [147]. Доклинические данные свидетельствуют о том, что качество, а не количество неоантигена, является основным фактором, определяющим индукцию эффективного и устойчивого иммунного ответа и форму ответа на иммунотерапию [148], как это было продемонстрировано на моделях меланомы и рака легкого [149]. Соответственно, продолжаются дальнейшие исследования по разработке автоматизированных инструментов для выявления специфических мутационных сигнатур, которые могут быть связаны с противоопухолевым иммунным ответом при РМЖ [150-152]. Как описано выше, гипермутированный фенотип при РМЖ может поддерживаться связанными с APOBEC мутационными процессами примерно в 60% случаев [36-39], тогда как лишь немногие гипермутированные опухоли характеризуются ДГР (1%) или нарушением регуляции ДНК-полимеразы-эпсилон (3,4%) [146]. Это проясняет, что только ДГР не может быть предиктором гипермутированного фенотипа или высокой вероятности ответа на ингибиторы контрольных точек. Наконец, анализ с помощью компьютерного моделирования продемонстрировал, что иммунная инфильтрация связана с мутационной нагрузкой в опухолях, развитие которых было инициировано рекуррентными мутациями, но не в опухолях, вызванных вариациями числа копий, таких как РМЖ [153]. В целом, необходимы дальнейшие исследования, чтобы прояснить роль этих биомаркеров в прогнозировании эффективности иммунотерапии при ТНРМЖ.

При изучении пространственной архитектуры и расположения ЛИО вначале оценивали их наличие, распределение и плотность, переходя затем к описанию их функциональной характеристики. Тогда как ингибиторы контрольных точек в основном действуют, стимулируя уже существующий противоопухолевый иммунный ответ, в нескольких солидных опухолях плотность ЛИО была связана с активностью иммунотерапии [155]. При РМЖ эти данные были подтверждены у пациентов с метастатическим ТНРМЖ, получавших монотерапию пембролизумабом в исследовании II фазы KEYNOTE-086 [155], в котором уровни ЛИО были независимыми предикторами ответа. Кроме того, наличие и плотность стромальных ЛИО до и во время лечения были значимо связаны с достижением пПО в когорте исследования KEYNOTE-173, в котором оценивался благоприятный эффект от добавления пембролизумаба к неоадъювантной химиотерапии [156]. Сходные результаты были получены в поисковом анализе биомаркеров в исследованиях IMpassion130 [157] и KEYNOTE-119 [158]. Интересно, что последнее исследование продемонстрировало, что высокие значения ЛИО прогнозируют благоприятные клинические исходы у пациентов с метастатическим ТНРМЖ, получавших пембролизумаб, но не химиотерапию, что усиливает предиктивную ценность этого биомаркера. Тем не менее, дополнительные данные свидетельствуют о том, что качественные различия в составе ЛИО, а также генетических сигнатурах, связанных с иммунитетом, могут усовершенствовать прогноз у пациентов с ТНРМЖ и ответ на лечение ингибиторами [154, 159, 160]. До сих пор не сообщалось о функциональных характеристиках иммунного инфильтрата в контролируемых исследованиях по изучению иммунотерапии при ТНРМЖ.

Оптимизация доставки цитотоксических препаратов через поверхностные антигены: модель конъюгатов антитело-лекарственное средство (АЛСК)

Доставка лекарственных препаратов с помощью конъюгатов антител сублимирует традиционную концепцию мишени в лечении злокачественных новообразований. До сих пор наиболее распространенное использование мАт при РМЖ было направлено на белок с патогенетической ролью в онкогенезе. С появлением АЛСК идентификация мишеней на клеточной поверхности теперь играет важную роль для маркировки раковых клеток, обеспечивая однозначную идентификацию злокачественного новообразования и обеспечивая точную доставку конъюгированной полезной нагрузки, будь то цитотоксические средства или биологические молекулы [161]. Это требует изменения точки зрения: идентификации молекул-мишеней с ограниченной экспрессией на поверхности раковых клеток, независимо от их биологической функции. В клинических условиях для идентификации и количественной оценки возможных мишеней для АЛСК использовали ИГХ оценки как в виде полуколичественной шкалы (например, от 0 до 4+ для LIV-1 и Trop-2), так и в виде процента позитивных клеток (например, по трансмембранному гликопротеину NMB (GPNMB)).

Линейка АЛСК для использования при РМЖ постоянно расширяется [161]. Сацитузумаб-говитекан (sacituzumab-govitecan-hziy) представляет собой АЛСК, распознающий рецептор Trop-2 на клетках для доставки цитотоксического препарата, производного камптотецина SN-38 [162]. Trop-2 является преобразователем трансмембранного сигнала кальция и гиперэкспрессируется при многих видах эпителиального рака, включая почти 90% случаев ТНРМЖ [163, 164]. В исследовании I/II фазы IMMU-132-01 были продемонстрированы многообещающие результаты у пациентов, ранее получавших лечение по поводу ТНРПЖ, с продолжительностью ВБП и ОВ 5,5 месяца и 13 месяцев соответственно [165]. На основании этого FDA зарегистрировало сакитузумаб говитекан по ускоренной процедуре для лечения метастатического ТНРМЖ. Кроме того, исследование III фазы ASCENT, в котором сакитузумаб-говитекан изучался в сравнении с терапией на выбор исследователей в качестве третьей или последующей линий, недавно было остановлено ввиду достижения конечных точек исследования [166]. Другой трансмембранный гликопротеин – GPNMB – был предложен в качестве поверхностного антигена для ADC, поскольку он встречается примерно в 30% ТНРМЖ [167]. Глембатумумаб-ведотин представляет собой АЛСК (доставляющий производное ауристатина – монометилауристатин E), направленный на GPNMB. Этот АЛСК не смог улучшить частоту ответов в общей популяции, экспрессирующей мишень в ≥5% и ≥25% клеток, в двух независимых исследованиях (EMERGE и METRIC), свидетельствуя о том, что одной только экспрессии мишени может быть недостаточно для того, чтобы вызвать эффективный и устойчивый ответ [168, 169]. Кроме того, в нескольких клинических исследованиях изучается ладиратузумаб-ведотин, АЛСК против мембранного белка-переносчика цинка LIV-1 (таблица 1). Получены предварительные результаты по применению комбинации ладиратузумаба-ведотина и пембролизумаба у пациентов, ранее получавших интенсивное лечение по поводу ТНРМЖ, с частотой объективных ответов, равной 54% [170].

В последнее время внедрение новых АЛСК, нацеленных на HER2, дало обнадеживающие результаты даже в популяции РМЖ с низкими уровнями экспрессии HER2 и не обнаруживаемыми амплификациями ERBB2, потенциально определяя новую роль HER2 также при ТНРМЖ. Трастузумаб-дерукстекан представляет собой АЛСК, доставляющий ингибитор топоизомеразы I, который был изучен при нескольких типах опухолей с различными уровнями экспрессии HER2 по данным ИГХ. Недавние данные, сообщенные в рамках исследования Ib фазы, продемонстрировали вызывающую интерес активность трастузумаба-дерукстекана в опухолях с низким уровнем экспрессии HER2, хотя ТНРМЖ составлял лишь меньшую часть (13%). В общей популяции исследования сообщалось о частоте ответов, равной 37,0%, и мВБП, равной 11,7 месяца [171], что определяет низкий уровень HER2 в качестве потенциального биомаркера для отбора пациентов в клинических исследованиях анти-HER2 АЛСК.

Механизмы резистентности к стандартным методам лечения ТНРМЖ

Резистентность к химиотерапии

Химиотерапия в настоящее время является основой лечения ТГРМЖ [172]. Как упоминалось выше, молекулярное профилирование позволяет определить подтипы ТНРМЖ, при которых с большей вероятностью будет достигнут благоприятный эффект от неоадъювантной химиотерапии [21, 22]. Однако ТНРМЖ обычно приобретает резистентность во время лечения или может по своей природе не реагировать на химиотерапию за счет многочисленных возможных механизмов химиорезистентности.

Один из основных механизмов опосредуется АТФ-связывающим кассетным транспортером, который вызывает АТФ-зависимый выход различных химиопрепаратов из клеток через клеточные мембраны. Интересно отметить, что при ТНРМЖ наблюдается значительно более высокая экспрессия или активация белка множественной лекарственной резистентности-1 (ABCC1/MRP1), белка резистентности рака молочной железы (ABCG2/BCRP) и белка множественной лекарственной резистентности-8 (ABCC11/MRP8) [173-176]. Каждый из них обеспечивает резистентность к разным лекарственным средствам, причем во многом она частично перекрывается. Для преодоления химиорезистентности изучаются несколько стратегий, направленных на подавление активности или экспрессии переносчиков, например, использование сулиндака, PZ-39 и различных ИТК в комбинации с химиотерапией [177-180]. Тем не менее, многие проблемы остаются нерешенными, включая необходимость угнетения многих переносчиков и неприемлемую связанную токсичность.

Химиорезистентность, наблюдаемая при ТНРМЖ, также может быть связана с присутствием опухолевых стволовых клеток, субпопуляции опухолевых клеток со способностью к самообновлению после лечения, что впоследствии приводит к повторному росту опухоли [181]. Хотя опухолевые стволовые клетки наблюдаются при всех подтипах РМЖ, их появление, по всей вероятности, присуще ТНРМЖ [182, 183]. Кроме того, было описано накопление химиорезистентных опухолевых стволовых клеток в остаточной опухоли после неоадъювантной химиотерапии [184]. Ассоциированная со стволовыми клетками химиорезистентность может быть связана с несколькими факторами, включая относительно низкую скорость их пролиферации и высокую экспрессию переносчиков [185]. Различные терапевтические стратегии для преодоления химиорезистентности опухолевых стволовых клеток находятся в стадии оценки, включая нацеливание на поверхностные антигены опухолевых стволовых клеток и сигнальные пути, важные для их самообновления [181].

Гипоксия – еще один описанный механизм, способствующий росту опухоли, ее выживаемости и устойчивости к терапии [186]. Гипоксия изменяет микроокружение опухоли и уменьшает захват и/или активность многих цитотоксических средств и обеспечивает резистентность к лучевой терапии. Более того, гипоксия индуцирует фенотип ОСК рака молочной железы и способствует иммуносупрессии [187, 188]. Подтип ТНРМЖ обычно связан с высоким уровнем гипоксии [189]. Использование пролекарств, активируемых гипоксией, действующих как цитотоксины [190], или ингибирование молекулярных мишеней, критически важных для процессов гипоксии, включая ингибиторы факторов, индуцируемых гипоксией [191, 192], представляют собой возможные пути воздействия на гипоксию.

Мутации TP53, присутствующие в >50% случаев ТНРМЖ [28-32], также могут определять устойчивость к химиотерапии, особенно к соединениям платины [193]. Как было продемонстрировано на доклинических моделях, потеря функции p53 способствует развитию устойчивости к индуцированным соединениями платины межцепочечным сшивкам ДНК и двухцепочечным разрывам, обусловленным инактивацией контрольной точки G1, с последующей активацией альтернативных путей репарации ДНК, позволяющих опухолевой клетке выжить [194]. Влияние мутации TP53 на ответ на специфические химиотерапевтические препараты при ТНРМЖ изучено не полностью [195, 196] и требует дальнейшего исследования. Кроме того, ТНРМЖ охвачен сложной сетью различных сигнальных путей, включая ядерный фактор каппа, усиливающий образование легкой цепи в активированных В-клетках (NF-kB), PTEN/PI3K/AKT/mTOR и JAK/STAT, которые способствуют прогрессированию ТНРМЖ и его химиорезистентности [4]. NF-kB часто активируется в ТНРМЖ, тогда как попытки ингибировать этот путь дали лишь скромные результаты из-за высокой токсичности [197, 198]. Путь PAM также часто гиперактивируется при ТНРМЖ, в основном из-за потери PTEN, и связан с неблагоприятным прогнозом и химиорезистентностью [199, 200]. Аналогичным образом, аномальная передача сигналов JAK/STAT часто наблюдается в клетках ТНРМЖ, и отмечаются перекрестные взаимодействия между STAT3 и повышающей регуляцией переносчиков [28, 33]. Однако ингибитор JAK1/2 руксолитиниб не продемонстрировал убедительной эффективности в качестве монотерапии в исследовании II фазы [201], подтвердив концепцию о том, что ингибирование единственного пути малоэффективно при ТНРМЖ. В настоящее время продолжаются другие клинические исследования специфических ингибиторов пути JAK/STAT. Наконец, пути рецептора EGFR и инсулиноподобного фактора роста-1 (IGF-1R) также вносят вклад в химиорезистентность ТНРМЖ [202-204]. Несмотря на гиперэкспрессию EGFR и IGF-1R примерно в 40% случаев ТНРМЖ [205, 206], к настоящему времени были получены неутешительные результаты клинических исследований, оценивающих прицельное воздействие на эти пути [76-81, 206, 207].

Резистентность к ингибиторам PARP

Как и при использовании других средств таргетной терапии, с течением времени может развиваться приобретенная устойчивость к ингибиторам PARP, обусловленная множеством различных механизмов [208]. Одним из наиболее хорошо описанных является восстановление достаточной РГР, несмотря на ингибирование PARP, как в случае вторичных «обратных» мутаций в BRCA1 или BRCA2 [209-212]. Восстановление функциональности белка BRCA1 или BRCA2 может происходить в результате генетических событий, которые могут восстанавливать открытую рамку считывания, что приводит к появлению функционального белка, или путем генетической реверсии унаследованной мутации, которая может восстанавливать белок немутантного типа. Эти события часто определяют устойчивость к химиотерапии препаратами на основе платины и к ингибиторам PARP [213]. Более того, РГР также может восстанавливаться за счет утраты метилирования промотора BRCA1, что приводит к экспрессии гена BRCA1, аналогичной экспрессии в опухолях с профицитом гомологичной рекомбинации. Вероятно, это связано с положительной селекцией клонов опухолевых клеток с более низким метилированием промотора [208].

Способность защищать застопорившуюся репликационную вилку, несмотря на дефекты гомологичной рекомбинации, может представлять собой еще один механизм резистентности [214]. Отмечена активация пути ATR/CHK1 с последующим фосфорилированием множества белков, способствующих стабильности репликационной вилки [215]. Защита репликационной вилки также может достигаться вследствие уменьшения привлечения нуклеаз в репликационную вилку при ее остановке, особенно за счет подавления активности различных белков, таких как PTIP и EZH2, ответственных за привлечение нуклеаз. Вследствие этого опухолевые клетки могут достичь резистентности к ингибиторам PARP без восстановления гомологичной рекомбинации [215]. Кроме того, поскольку активность ингибиторов PARP опосредуется через ингибирование ферментов PARP, другим возможным механизмом резистентности является пониженная экспрессия этих белков [216]. Более того, мутации PARP1 и других белков, участвующих в репарации ДНК, могут быть ответственны за первичную и вторичную устойчивость к ингибиторам PARP соответственно [217]. Кроме того, специфические мутации генов BRCA1 и 2, особенно миссенс-мутации, которые разрушают N-концевой домен BRCA1, могут способствовать быстрому развитию устойчивости к ингибиторам PARP. Мутация в C-концевом домене BRCA может приводить к образованию белковых продуктов, неспособных сворачиваться надлежащим образом, вследствие чего они в большей степени подвержены деградации, опосредованной протеазами. Белок теплового шока-90 (HSP90) стабилизирует эти мутантные белки BRCA1, которые, в свою очередь, могут эффективно взаимодействовать с комплексом PALB2-BRCA2-RAD51, обеспечивая резистентность к ингибиторам PARP и цисплатину [218]. В этом случае лечение ингибитором HSP90 потенциально способно восстановить чувствительность опухолевых клеток к ингибированию PARP.

Наконец, мутации в генах, кодирующих комплекс субъединиц shieldin [219-220] и утрата REV7 [221] могут вызывать развитие устойчивости к ингибиторам PARP в клетках с недостаточностью BRCA1 за счет восстановления РГР. Следует отметить, что некоторые из этих изменений в опухолях с недостаточностью BRCA обеспечивают чувствительность к соединениям платины, свидетельствуя о том, что базовый механизм резистентности может влиять на алгоритм лечения ТНРМЖ. Для определения потенциальных терапевтических стратегий преодоления резистентности опухоли необходимы альтернативные стратегии лечения, способные не допустить или отсрочить появление резистентных клонов, включая применение ингибиторов PARP в комбинации с другими лекарственными средствами или нацеливание на альтернативные молекулы, участвующие в ответе на повреждение ДНК (ATR, ATM, WEE1), а также установление индивидуального механизма резистентности. Поскольку некоторые из этих механизмов могут обеспечивать резистентность также и к другим лекарственным средствам, следует тщательно выбирать методы лечения, проводимые до и после назначения ингибиторов PARP.

Резистентность к иммунотерапии

У нескольких пациентов наблюдалась первичная и приобретенная резистентность опухоли к иммунотерапии. Понимание многофакторных механизмов устойчивости к ингибиторам контрольных точек должно идти параллельно с выявлением надежных биомаркеров, способных прогнозировать вероятность ответа на лечение и его степень [222].

Нарушенное распознавание опухоли иммунной системой может ухудшить не только физиологический, но и стимулируемый терапией иммунный контроль. Действительно, измененное/недостаточное представление антигена или ограниченный спектр опухолевых антигенов может способствовать ослаблению иммунного ответа. Кроме того, ключевым фактором является избыток и активация CD8-положительных Т-клеток. В стадии изучения находятся несколько стратегий, предусматривающих возможность использования комбинации нескольких средств, повреждающих ДНК (химиотерапия, лучевая терапия), или средств, нацеленных на репарацию ДНК (ингибиторы PARP и ATR) [223]. Эти средства могут способствовать высвобождению опухолевых антигенов в микроокружении опухоли, повышая иммуногенность опухоли и ее инфильтрацию Т-клетками.

Состав микроокружения опухоли, влияющий на ответ на ингибиторы контрольных точек, хорошо изучен и варьирует в диапазоне от «иммуновоспалительного» до «иммунонегативного» фенотипов [224]. Как упоминалось выше, высокие уровни ЛИО при ТНРМЖ были сопряжены с лучшим прогнозом и многообещающим ответом на иммунотерапию [123-126, 159]. Однако разные субпопуляции Т-клеток могут иметь разное значение [225-227]. Регуляторные Т-клетки (CD4+/CD25_high/FoxP3+) могут способствовать росту опухоли, ингибируя активность цитотоксических CD8-позитивных Т-клеток посредством прямого межклеточного контакта и/или секреции трансформирующего фактора роста-β. Роль В-лимфоцитов все еще не выяснена; активированные В-клетки могут участвовать в противоопухолевом иммунном ответе посредством различных механизмов, включая секрецию антиген-специфических антител, индукцию клеток врожденного иммунитета (например, связанных с опухолью макрофагов M1), высвобождение различных цитокинов (например, ИЛ-6) и активацию каскадов комплемента. Недавно Kim и соавт. [228] разделили ТНРМЖ на два подтипа в соответствии с инфильтрацией опухоли нейтрофилами и макрофагами, каждый со своими собственными путями регуляции: нейтрофил-обогащенный подтип (NES), характеризующийся наличием иммуносупрессивных нейтрофилов и резистентный к иммунотерапии, и подтип, обогащенный макрофагами (MES), содержащий преимущественно CCR2-зависимые макрофаги и демонстрирующий различные ответы на ингибиторы контрольных точек. Авторы предположили, что переход подтипа MES в подтип NES может опосредовать приобретенную устойчивость к блокаде контрольных точек иммунного ответа [228]. Кроме того, решающую роль в формировании «иммунорезистентных ниш» в ограниченных пространствах, труднодоступных для иммунных клеток, играет ангиогенез. Использование антиангиогенной терапии может способствовать нормализации сосудистой сети, улучшить миграцию лимфоцитов через эндотелий и преодолеть резистентность к иммунотерапии [229].

Недавние исследования были сосредоточены на кишечном микробиоме, влияющем на эффективность иммунотерапии [230]. Однако влияние кишечных бактерий на эффективность терапии или резистентность при РМЖ еще не выяснено. Возможные стратегии воздействия на микробиоту кишечника с целью повышения эффективности противоопухолевой терапии все еще изучаются. Наконец, было установлено, что изменения PTEN связаны с уменьшением выживаемости у пациентов с ТНРМЖ, получавших лечение анти-PD-1/L1 антителами [147]. Поскольку ингибирование пути PAM может устранить резистентность, опосредуемую Т-клетками [231], проводится исследование I фазы по изучению применения комбинации ипатасертиба, атезолизумаба и паклитаксела с многообещающей противоопухолевой активностью (частота ответов = 73%) у пациентов с ТНРМЖ, независимо от экспрессии PD-L1 и статуса PIK3CA/AKT1/PTEN [232].

Выводы и дальнейшие перспективы

ТНРМЖ является неоднородным заболеванием, включающим различные гистологические и молекулярные подтипы с разными исходами. Каждый подтип определяется конкретными транскриптомными и генетическими изменениями, которые могут стать мишенями для терапии. Тем не менее, фактически лишь небольшая часть пациентов с ТНРМЖ получает терапию по результатам оценки биомаркеров, например, лечение ингибиторами PARP или соединениями платины при носительстве герминальных мутаций BRCA1/2 или лечение ингибиторами контрольных точек при PD-L1-позитивном ТНРМЖ. Таким образом, химиотерапия продолжает оставаться основным лечением для большей части пациентов. ПЭГ позволяет идентифицировать подтипы ТНРМЖ с различными ответами на неоадъювантную химиотерапию, обосновывая использование стандартных и новых видов лечения в отобранных подгруппах ТНРМЖ. ТНРМЖ не во всех случаях имеет неблагоприятный прогноз, поэтому необходима стратификация риска для подбора стратегий эскалации/деэскалации терапии. Для индивидуализированного подбора лечения, который позволит достичь максимальной клинической пользы, необходимо признание гистологической и молекулярной неоднородности ТНРМЖ. Однако при этом необходимо решить несколько проблем.

Низкая частота встречаемости генов, подверженных рекуррентным мутациям, и альтераций с потенциалом прицельного воздействия представляют собой актуальные проблемы для разработки новых стратегий лечения. Методики полногеномного секвенирования позволяют увеличить количество пациентов, которым можно назначить таргетную терапию, как это предполагается для пациентов, в опухолевых клетках которых выявляют большое количество хромосомных разрывов с образованием крупных фрагментов (large-scale state transition) или соматические биаллельные мутации, приводящие к потере функции, в генах, связанных с системой РГР [31, 233, 234]. Кроме того, метастатический ТНРМЖ, по-видимому, демонстрирует более значимую неоднородность и генетическую многогранность по сравнению с заболеванием на ранних стадиях [31]. Данное наблюдение предполагает необходимость применения индивидуализированных методов лечения на ранней стадии заболевания для предотвращения возникновения сложных и избыточных механизмов резистентности. Кроме того, несколько изменений могут одновременно влиять на один и тот же путь. Например, ТНРМЖ с наличием активирующих мутаций PIK3CA одновременно может демонстрировать утрату PTEN, нивелируя, таким образом, пользу от PIK3CA-селективного ингибирования, как это было продемонстрировано при ЭР-позитивном РМЖ [235, 236]. Кроме того, новые методики, такие как количественные анализы на основе жидкой биопсии, способные выявлять опухоли на очень ранних стадиях и контролировать минимальную остаточную болезнь, позволяют лучше прогнозировать исходы в ходе течения болезни. Это позволить использовать новые лекарственные препараты на тех этапах, когда болезнь менее сложна с биологической точки зрения, за счет выявления пациенток с раком молочной железы, которым требуется экспериментальная терапия на ранней стадии заболевания и для которых необходима регистрация лекарственных препаратов по ускоренной процедуре.

Иммунное микроокружение при ТНРМЖ существенно влияет на риск развития рецидива и на эффективность химиотерапии, что является основанием для применения терапии на основе ингибиторов контрольных точек. Однако до сих пор сообщалось о противоречивых результатах применения иммунотерапии при ТНРМЖ. Уточнение популяции пациенток с ТНРМЖ, отобранных по биомаркерам, у которых с высокой вероятностью будет достигнут благоприятный эффект от лечения на основе иммунотерапии, представляет собой проблему нескольких текущих исследований. Вышеупомянутые биомаркеры следует рассматривать не как взаимозаменяемые, а как взаимодополняющие, поскольку каждый из них описывает особенность сложного взаимодействия между опухолью и иммунной системой. Таким образом, необходимо более точное определение «иммунограммы» ТНРМЖ с целью правильного отбора пациентов для лечения на основе иммунотерапии и, одновременно, для реализации инновационных стратегий повышения иммуногенности при «иммуно-вытесняющем» фенотипе рака с использованием комбинированных подходов.

ТНРМЖ является исключительно рабочим термином, учитывая выраженную гистопатологическую, транскриптомную и геномную неоднородность, характерную для этого подтипа РМЖ. Применение «мультиомной» стратегии и алгоритмов биоинформатики, а также новых видов дизайна клинических исследований играет важную роль для расширения терапевтического арсенала против ТНРМЖ и перехода к индивидуализированному противоопухолевому лечению.

---

Источники:

1. Foulkes, W. D., Smith, I. E. & Reis-Filho, J. S. Triple-negative breast cancer. N. Engl. J. Med. 363, 1938-1948 (2010).
2. Perou, C. M. et al. Molecular portraits of human breast tumours. Nature 406, 747-752 (2000).
3. Rakha, E. A., Reis-Filho, J. S. & Ellis, I. O. Basal-like breast cancer: a critical review. J. Clin. Oncol. 26, 2568-2581 (2008).
4. Garrido-Castro, A. C., Lin, N. U. & Polyak, K. Insights into molecular classifications of triple-negative breast cancer: improving patient selection for treatment. Cancer Discov. 9, 176-198 (2019).
5. Bertucci, F. et al. How basal are triple-negative breast cancers? Int. J. Cancer 123, 236-240 (2008).
6. Parker, J. S. et al. Supervised risk predictor of breast cancer based on intrinsic subtypes. J. Clin. Oncol. 27, 1160-1167 (2009).
7. de Ronde, J. J. et al. Concordance of clinical and molecular breast cancer subtyping in the context of preoperative chemotherapy response. Breast Cancer Res. Treat. 119, 119-126 (2010).
8. Bastien, R. R. et al. PAM50 breast cancer subtyping by RT-qPCR and concordance with standard clinical molecular markers. BMC Med Genom. 5, 44 (2012).
9. Prat, A. et al. Phenotypic and molecular characterization of the claudin-low intrinsic subtype of breast cancer. Breast Cancer Res. 12, R68 (2010).
10. Fougner, C., Bergholtz, H., Norum, J. H. & Sorlie, T. Re-definition of claudin-low as a breast cancer phenotype. Nat. Commun. 11, 1787 (2020).
11. Fulford, L. G. et al. Specific morphological features predictive for the basal phenotype in grade 3 invasive ductal carcinoma of breast. Histopathology 49, 22-34 (2006).
12. Livasy, C. A. et al. Phenotypic evaluation of the basal-like subtype of invasive breast carcinoma. Mod. Pathol. 19, 264-271 (2006).
13. Turner, N. C. et al. BRCA1 dysfunction in sporadic basal-like breast cancer. Oncogene 26, 2126-2132 (2007).
14. Kreike, B. et al. Gene expression profiling and histopathological characterization of triple-negative/basal-like breast carcinomas. Breast Cancer Res. 9, R65 (2007).
15. Sorlie, T. et al. Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications. Proc. Natl Acad. Sci. USA 98, 10869-10874 (2001).
16. Sorlie, T. et al. Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets. Proc. Natl Acad. Sci. USA 100, 8418-8423 (2003).
17. Geyer, F. C. et al. The spectrum of triple-negative breast disease: high- and low-grade lesions. Am. J. Pathol. 187, 2139-2151 (2017).
18. Lae, M. et al. Secretory breast carcinomas with ETV6-NTRK3 fusion gene belong to the basal-like carcinoma spectrum. Mod. Pathol. 22, 291-298 (2009).
19. Persson, M. et al. Recurrent fusion of MYB and NFIB transcription factor genes in carcinomas of the breast and head and neck. Proc. Natl Acad. Sci. USA 106, 18740-18744 (2009).
    CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
20. Lehmann, B. D. et al. Identification of human triple-negative breast cancer subtypes and preclinical models for selection of targeted therapies. J. Clin. Invest. 121, 2750-2767 (2011).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
21. Masuda, H. et al. Differential response to neoadjuvant chemotherapy among 7 triple-negative breast cancer molecular subtypes. Clin. Cancer Res. 19, 5533-5540 (2013).
    CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
22. Lehmann, B. D. et al. Refinement of triple-negative breast cancer molecular subtypes: implications for neoadjuvant chemotherapy selection. PLoS ONE 11, e0157368 (2016).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
23. Burstein, M. D. et al. Comprehensive genomic analysis identifies novel subtypes and targets of triple-negative breast cancer. Clin. Cancer Res. 21, 1688-1698 (2015).
    CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
24. Curtis, C. et al. The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups. Nature 486, 346-352 (2012).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
25. Jiang, Y. Z. et al. Genomic and transcriptomic landscape of triple-negative breast cancers: subtypes and treatment strategies. Cancer Cell 35, 428-440 (2019). e425.
    CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
26. Karaayvaz, M. et al. Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq. Nat. Commun. 9, 3588 (2018).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
27. Kim, C. et al. Chemoresistance evolution in triple-negative breast cancer delineated by single-cell sequencing. Cell 173, 879-893 (2018). e813.
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
28. Cancer Genome Atlas, N. Comprehensive molecular portraits of human breast tumours. Nature 490, 61-70 (2012).
    Article CAS Google Scholar
29. Kandoth, C. et al. Mutational landscape and significance across 12 major cancer types. Nature 502, 333-339 (2013).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
30. Nik-Zainal, S. et al. Landscape of somatic mutations in 560 breast cancer whole-genome sequences. Nature 534, 47-54 (2016).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
31. Bertucci, F. et al. Genomic characterization of metastatic breast cancers. Nature 569, 560-564 (2019).
    CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
32. Shah, S. P. et al. The clonal and mutational evolution spectrum of primary triple-negative breast cancers. Nature 486, 395-399 (2012).
    CAS PubMed Article Google Scholar
33. Balko, J. M. et al. Molecular profiling of the residual disease of triple-negative breast cancers after neoadjuvant chemotherapy identifies actionable therapeutic targets. Cancer Discov. 4, 232-245 (2014).
    CAS PubMed Article Google Scholar
34. Bareche, Y. et al. Unravelling triple-negative breast cancer molecular heterogeneity using an integrative multiomic analysis. Ann. Oncol. 29, 895-902 (2018).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
35. Tseng, L. M. et al. A comparison of the molecular subtypes of triple-negative breast cancer among non-Asian and Taiwanese women. Breast Cancer Res. Treat. 163, 241-254 (2017).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
36. Nik-Zainal, S. et al. Mutational processes molding the genomes of 21 breast cancers. Cell 149, 979-993 (2012).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
37. Alexandrov, L. B. et al. Signatures of mutational processes in human cancer. Nature 500, 415-421 (2013).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
38. Alexandrov, L. B. et al. The repertoire of mutational signatures in human cancer. Nature 578, 94-101 (2020).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
39. Swanton, C., McGranahan, N., Starrett, G. J. & Harris, R. S. APOBEC enzymes: mutagenic fuel for cancer evolution and heterogeneity. Cancer Discov. 5, 704-712 (2015).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
40. Harris, R. S. Molecular mechanism and clinical impact of APOBEC3B-catalyzed mutagenesis in breast cancer. Breast Cancer Res. 17, 8 (2015).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
41. Shang, M. et al. Potential management of circulating tumor DNA as a biomarker in triple-negative breast cancer. J. Cancer 9, 4627-4634 (2018).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
42. Wan, J. C. M. et al. Liquid biopsies come of age: towards implementation of circulating tumour DNA. Nat. Rev. Cancer 17, 223-238 (2017).
    CAS PubMed Article Google Scholar
43. Garcia-Murillas, I. et al. Mutation tracking in circulating tumor DNA predicts relapse in early breast cancer. Sci. Transl. Med. 7, 302ra133 (2015).
    PubMed Article Google Scholar
44. Olsson, E. et al. Serial monitoring of circulating tumor DNA in patients with primary breast cancer for detection of occult metastatic disease. EMBO Mol. Med. 7, 1034-1047 (2015).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
45. Radovich, M. et al. Association of circulating tumor DNA and circulating tumor cells after neoadjuvant chemotherapy with disease recurrence in patients with triple-negative breast cancer: preplanned secondary analysis of the BRE12-158 randomized clinical trial. JAMA Oncol. 6, 1410-1415 (2020).
    Article Google Scholar
46. Takeshita, T. et al. Prognostic role of PIK3CA mutations of cell-free DNA in early-stage triple negative breast cancer. Cancer Sci. 106, 1582-1589 (2015).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
47. Madic, J. et al. Circulating tumor DNA and circulating tumor cells in metastatic triple negative breast cancer patients. Int. J. Cancer 136, 2158-2165 (2015).
    CAS PubMed Article Google Scholar
48. Stover, D. G. et al. Association of cell-free DNA tumor fraction and somatic copy number alterations with survival in metastatic triple-negative breast cancer. J. Clin. Oncol. 36, 543-553 (2018).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
49. Hilborn, E. et al. Androgen receptor expression predicts beneficial tamoxifen response in oestrogen receptor-alpha-negative breast cancer. Br. J. Cancer 114, 248-255 (2016).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
50. Xu, M. et al. Prognostic significance of androgen receptor expression in triple negative breast cancer: a systematic review and meta-analysis. Clin. Breast Cancer 20, e385-e396 (2020).
    CAS PubMed Article Google Scholar
51. Di Zazzo, E. et al. Prostate cancer stem cells: the role of androgen and estrogen receptors. Oncotarget 7, 193-208 (2016).
    PubMed Article Google Scholar
52. Basile, D. et al. Androgen receptor in estrogen receptor positive breast cancer: beyond expression. Cancer Treat. Rev. 61, 15-22 (2017).
    CAS PubMed Article Google Scholar
53. Gucalp, A. et al. Phase II trial of bicalutamide in patients with androgen receptor-positive, estrogen receptor-negative metastatic breast cancer. Clin. Cancer Res. 19, 5505-5512 (2013).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
54. Traina, T. A. et al. Enzalutamide for the treatment of androgen receptor-expressing triple-negative breast cancer. J. Clin. Oncol. 36, 884-890 (2018).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
55. Traina, T. A. et al. Overall survival (OS) in patients (Pts) with diagnostic positive (Dx+) breast cancer: Subgroup analysis from a phase 2 study of enzalutamide (ENZA), an androgen receptor (AR) inhibitor, in AR+ triple-negative breast cancer (TNBC) treated with 0-1 prior lines of therapy. J. Clin. Oncol. 35, 1089-1089 (2017).
    Article Google Scholar
56. Bonnefoi, H. et al. A phase II trial of abiraterone acetate plus prednisone in patients with triple-negative androgen receptor positive locally advanced or metastatic breast cancer (UCBG 12-1). Ann. Oncol. 27, 812-818 (2016).
    CAS PubMed Article Google Scholar
57. Marra, A. & Curigliano, G. Are all cyclin-dependent kinases 4/6 inhibitors created equal? NPJ Breast Cancer 5, 27 (2019).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
58. Vasan, N., Toska, E. & Scaltriti, M. Overview of the relevance of PI3K pathway in HR-positive breast cancer. Ann. Oncol. 30, x3-x11 (2019).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
59. Asghar, U. S. et al. Single-cell dynamics determines response to CDK4/6 inhibition in triple-negative breast cancer. Clin. Cancer Res. 23, 5561-5572 (2017).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
60. Lehmann, B. D. et al. PIK3CA mutations in androgen receptor-positive triple negative breast cancer confer sensitivity to the combination of PI3K and androgen receptor inhibitors. Breast Cancer Res. 16, 406 (2014).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
61. Millis, S. Z. et al. Predictive biomarker profiling of >6000 breast cancer patients shows heterogeneity in TNBC, with treatment implications. Clin. Breast Cancer 15, 473-481 (2015). e473.
    CAS PubMed Article Google Scholar
62. Porta, C., Paglino, C. & Mosca, A. Targeting PI3K/Akt/mTOR signaling in cancer. Front. Oncol. 4, 64 (2014).
    PubMed PubMed Central Article Google Scholar
63. Mosele, F. et al. Outcome and molecular landscape of patients with PIK3CA-mutated metastatic breast cancer. Ann. Oncol. 31, 377-386 (2020).
    CAS PubMed Article Google Scholar
64. Jovanovic, B. et al. A randomized phase II neoadjuvant study of cisplatin, paclitaxel with or without everolimus in patients with stage II/III triple-negative breast cancer (TNBC): responses and long-term outcome correlated with increased frequency of DNA damage response gene mutations, TNBC subtype, AR status, and Ki67. Clin. Cancer Res. 23, 4035-4045 (2017).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
65. Martin, M. et al. A randomized adaptive phase II/III study of buparlisib, a pan-class I PI3K inhibitor, combined with paclitaxel for the treatment of HER2- advanced breast cancer (BELLE-4). Ann. Oncol. 28, 313-320 (2017).
    CAS PubMed Article Google Scholar
66. Sharma, P. et al. Clinical and biomarker results from phase I/II study of PI3K inhibitor BYL 719 (alpelisib) plus nab-paclitaxel in HER2-negative metastatic breast cancer. J. Clin. Oncol. 36, 1018-1018 (2018).
    Article Google Scholar
67. Kim, S. B. et al. Ipatasertib plus paclitaxel versus placebo plus paclitaxel as first-line therapy for metastatic triple-negative breast cancer (LOTUS): a multicentre, randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2 trial. Lancet Oncol. 18, 1360-1372 (2017).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
68. Dent, R. et al. Overall survival (OS) update of the double-blind placebo (PBO)-controlled randomized phase 2 LOTUS trial of first-line ipatasertib (IPAT) + paclitaxel (PAC) for locally advanced/metastatic triple-negative breast cancer (mTNBC). J. Clin. Oncol. 36, 1008-1008 (2018).
    Article Google Scholar
69. Schmid, P. et al. Capivasertib plus paclitaxel versus placebo plus paclitaxel as first-line therapy for metastatic triple-negative breast cancer: the PAKT trial. J. Clin. Oncol. 38, 423-433 (2020).
    CAS PubMed Article Google Scholar
70. Fruman, D. A. et al. The PI3K pathway in human disease. Cell 170, 605-635 (2017).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
71. Hopkins, B. D. et al. Suppression of insulin feedback enhances the efficacy of PI3K inhibitors. Nature 560, 499-503 (2018).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
72. Vernieri, C. et al. Targeting cancer metabolism: dietary and pharmacologic interventions. Cancer Discov. 6, 1315-1333 (2016).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
73. Zhang, W. & Liu, H. T. MAPK signal pathways in the regulation of cell proliferation in mammalian cells. Cell Res. 12, 9-18 (2002).
    CAS PubMed Article Google Scholar
74. Balko, J. M. et al. Profiling of residual breast cancers after neoadjuvant chemotherapy identifies DUSP4 deficiency as a mechanism of drug resistance. Nat. Med. 18, 1052-1059 (2012).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
75. Duncan, J. S. et al. Dynamic reprogramming of the kinome in response to targeted MEK inhibition in triple-negative breast cancer. Cell 149, 307-321 (2012).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
76. Di Leo, A. et al. Phase III, double-blind, randomized study comparing lapatinib plus paclitaxel with placebo plus paclitaxel as first-line treatment for metastatic breast cancer. J. Clin. Oncol. 26, 5544-5552 (2008).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
77. Finn, R. S. et al. Estrogen receptor, progesterone receptor, human epidermal growth factor receptor 2 (HER2), and epidermal growth factor receptor expression and benefit from lapatinib in a randomized trial of paclitaxel with lapatinib or placebo as first-line treatment in HER2-negative or unknown metastatic breast cancer. J. Clin. Oncol. 27, 3908-3915 (2009).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
78. Baselga, J. et al. Randomized phase II study of the anti-epidermal growth factor receptor monoclonal antibody cetuximab with cisplatin versus cisplatin alone in patients with metastatic triple-negative breast cancer. J. Clin. Oncol. 31, 2586-2592 (2013).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
79. Nabholtz, J. M. et al. Multicentric neoadjuvant pilot Phase II study of cetuximab combined with docetaxel in operable triple negative breast cancer. Int. J. Cancer 138, 2274-2280 (2016).
    CAS PubMed Article Google Scholar
80. Yardley, D. A. et al. Panitumumab, gemcitabine, and carboplatin as treatment for women with metastatic triple-negative breast cancer: a sarah cannon research institute phase II trial. Clin. Breast Cancer 16, 349-355 (2016).
    CAS PubMed Article Google Scholar
81. Matsuda, N. et al. Safety and efficacy of panitumumab plus neoadjuvant chemotherapy in patients with primary HER2-negative inflammatory breast cancer. JAMA Oncol. 4, 1207-1213 (2018).
    PubMed PubMed Central Article Google Scholar
82. Costa, R. et al. Targeting epidermal growth factor receptor in triple negative breast cancer: new discoveries and practical insights for drug development. Cancer Treat. Rev. 53, 111-119 (2017).
    CAS PubMed Article Google Scholar
83. Ali, R. & Wendt, M. K. The paradoxical functions of EGFR during breast cancer progression. Signal Transduct Target Ther. 2, 1-7 (2017).
    Article Google Scholar
84. Hyman, D. M. et al. HER kinase inhibition in patients with HER2- and HER3-mutant cancers. Nature 554, 189-194 (2018).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
85. Brufsky, A. et al. Abstract P5-21-01: Cobimetinib combined with paclitaxel as first-line treatment for patients with advanced triple-negative breast cancer (COLET study): primary analysis of cohort I. Cancer Res. 78, P5-21-01 (2018).
    Google Scholar
86. Wongchenko, M. et al. Exploratory biomarker analysis of first-line cobimetinib (C) + paclitaxel (P) in patients (pts) with advanced triple-negative breast cancer (TNBC) from the phase 2 COLET study. Eur. J. Cancer 69, S148-S149 (2016).
    Article Google Scholar
87. Brufsky, A. et al. Phase II COLET study: atezolizumab (A) + cobimetinib (C) + paclitaxel (P)/nab-paclitaxel (nP) as first-line (1L) treatment (tx) for patients (pts) with locally advanced or metastatic triple-negative breast cancer (mTNBC). J. Clin. Oncol. 37, 1013-1013 (2019).
    Article Google Scholar
88. Schafer, J. M. et al. Targeting MYCN-expressing triple-negative breast cancer with BET and MEK inhibitors. Sci. Transl. Med. 12, eaaw8275 (2020).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
89. Albanell, J. et al. 228PD – BRAF genomic alterations in breast cancer. Ann. Oncol. 27, vi70 (2016).
    Article Google Scholar
90. Hyman, D. M. et al. Vemurafenib in multiple nonmelanoma cancers with BRAF V600 mutations. N. Engl. J. Med. 373, 726-736 (2015).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
91. Subbiah, V. et al. Pan-cancer efficacy of vemurafenib in BRAFV600-mutant non-melanoma cancers. Cancer Discov. 10, 657-663 (2020).
    PubMed Article Google Scholar
92. Jing, J. et al. Comprehensive predictive biomarker analysis for MEK inhibitor GSK1120212. Mol. Cancer Ther. 11, 720-729 (2012).
    CAS PubMed Article Google Scholar
93. Liu, Y., Shepherd, E. G. & Nelin, L. D. MAPK phosphatases-regulating the immune response. Nat. Rev. Immunol. 7, 202-212 (2007).
    CAS PubMed Article Google Scholar
94. Livraghi, L. & Garber, J. E. PARP inhibitors in the management of breast cancer: current data and future prospects. BMC Med. 13, 188 (2015).
    PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
95. Chen, S. & Parmigiani, G. Meta-analysis of BRCA1 and BRCA2 penetrance. J. Clin. Oncol. 25, 1329-1333 (2007).
    PubMed PubMed Central Article Google Scholar
96. Goodwin, P. J. et al. Breast cancer prognosis in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers: an International Prospective Breast Cancer Family Registry population-based cohort study. J. Clin. Oncol. 30, 19-26 (2012).
    PubMed Article Google Scholar
97. Rebbeck, T. R. et al. Association of type and location of BRCA1 and BRCA2 mutations with risk of breast and ovarian cancer. JAMA 313, 1347-1361 (2015).
    CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
98. Foulkes, W. D. et al. Germline BRCA1 mutations and a basal epithelial phenotype in breast cancer. J. Natl Cancer Inst. 95, 1482-1485 (2003).
    CAS PubMed Article Google Scholar
99. Lord, C. J. & Ashworth, A. BRCAness revisited. Nat. Rev. Cancer 16, 110-120 (2016).
    CAS PubMed Article Google Scholar
100. Farmer, H. et al. Targeting the DNA repair defect in BRCA mutant cells as a therapeutic strategy. Nature 434, 917-921 (2005).
     CAS Article Google Scholar
101. O’Neil, N. J., Bailey, M. L. & Hieter, P. Synthetic lethality and cancer. Nat. Rev. Genet. 18, 613-623 (2017).
     PubMed Article CAS PubMed Central Google Scholar
102. Davies, H. et al. HRDetect is a predictor of BRCA1 and BRCA2 deficiency based on mutational signatures. Nat. Med. 23, 517-525 (2017).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
103. Robson, M. et al. Olaparib for metastatic breast cancer in patients with a germline BRCA mutation. N. Engl. J. Med. 377, 523-533 (2017).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
104. Litton, J. K. et al. Talazoparib in patients with advanced breast cancer and a germline BRCA mutation. N. Engl. J. Med. 379, 753-763 (2018).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
105. Han, H. S. et al. Veliparib with temozolomide or carboplatin/paclitaxel versus placebo with carboplatin/paclitaxel in patients with BRCA1/2 locally recurrent/metastatic breast cancer: randomized phase II study. Ann. Oncol. 29, 154-161 (2018).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
106. Dieras, V. et al. Veliparib with carboplatin and paclitaxel in BRCA-mutated advanced breast cancer (BROCADE3): a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial. Lancet Oncol. 21, 1269-1282 (2020).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
107. Tutt, A. et al. Carboplatin in BRCA1/2-mutated and triple-negative breast cancer BRCAness subgroups: the TNT trial. Nat. Med. 24, 628-637 (2018).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
108. Tung, N. et al. TBCRC 031: randomized phase II study of neoadjuvant cisplatin versus doxorubicin-cyclophosphamide in germline BRCA carriers with HER2-negative breast cancer (the INFORM trial). J. Clin. Oncol. 38, JCO1903292 (2020).
     Google Scholar
109. Fasching, P. A. et al. GeparOLA: A randomized phase II trial to assess the efficacy of paclitaxel and olaparib in comparison to paclitaxel/carboplatin followed by epirubicin/cyclophosphamide as neoadjuvant chemotherapy in patients (pts) with HER2-negative early breast cancer (BC) and homologous recombination deficiency (HRD). J. Clin. Oncol. 37, 506-506 (2019).
     Article Google Scholar
110. O’Shaughnessy, J. et al. Phase III study of iniparib plus gemcitabine and carboplatin versus gemcitabine and carboplatin in patients with metastatic triple-negative breast cancer. J. Clin. Oncol. 32, 3840-3847 (2014).
     PubMed Article CAS PubMed Central Google Scholar
111. Loibl, S. et al. Addition of the PARP inhibitor veliparib plus carboplatin or carboplatin alone to standard neoadjuvant chemotherapy in triple-negative breast cancer (BrighTNess): a randomised, phase 3 trial. Lancet Oncol. 19, 497-509 (2018).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
112. Falchook, G. et al. Alisertib in combination with weekly paclitaxel in patients with advanced breast cancer or recurrent ovarian cancer: a randomized clinical trial. JAMA Oncol. 5, e183773 (2019).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
113. Diamond, J. R. et al. A phase II clinical trial of the Aurora and angiogenic kinase inhibitor ENMD-2076 for previously treated, advanced, or metastatic triple-negative breast cancer. Breast Cancer Res. 20, 82 (2018).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
114. Telli, M. L. et al. Abstract OT2-07-07: ATR inhibitor M6620 (formerly VX-970) with cisplatin in metastatic triple-negative breast cancer: Preliminary results from a phase 1 dose expansion cohort (NCT02157792). Cancer Res. 78, OT2-07-07-07 (2018).
     Google Scholar
115. Infante, J. R. et al. Phase I study of GDC-0425, a checkpoint kinase 1 inhibitor, in combination with gemcitabine in patients with refractory solid tumors. Clin. Cancer Res. 23, 2423-2432 (2017).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
116. Ibrahim, Y. H. et al. PI3K inhibition impairs BRCA1/2 expression and sensitizes BRCA-proficient triple-negative breast cancer to PARP inhibition. Cancer Discov. 2, 1036-1047 (2012).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
117. Matulonis, U. A. et al. Phase I dose escalation study of the PI3kinase pathway inhibitor BKM120 and the oral poly (ADP ribose) polymerase (PARP) inhibitor olaparib for the treatment of high-grade serous ovarian and breast cancer. Ann. Oncol. 28, 512-518 (2017).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
118. Jiao, S. et al. PARP inhibitor upregulates PD-L1 expression and enhances cancer-associated immunosuppression. Clin. Cancer Res. 23, 3711-3720 (2017).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
119. Mouw, K. W., Goldberg, M. S., Konstantinopoulos, P. A. & D’Andrea, A. D. DNA damage and repair biomarkers of immunotherapy response. Cancer Disco. 7, 675-693 (2017).
     CAS Article Google Scholar
120. Sato, H. et al. DNA double-strand break repair pathway regulates PD-L1 expression in cancer cells. Nat. Commun. 8, 1751 (2017).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
121. Lee, J. M. et al. Safety and clinical activity of the programmed death-ligand 1 inhibitor durvalumab in combination with poly (ADP-Ribose) polymerase inhibitor olaparib or vascular endothelial growth factor receptor 1-3 inhibitor cediranib in women’s cancers: a dose-escalation, phase I study. J. Clin. Oncol. 35, 2193-2202 (2017).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
122. Vinayak, S. et al. Open-label clinical trial of niraparib combined with pembrolizumab for treatment of advanced or metastatic triple-negative breast cancer. JAMA Oncol. 5, 1132-1140 (2019).
     PubMed Central Article Google Scholar
123. Loi, S. et al. Tumor-infiltrating lymphocytes and prognosis: a pooled individual patient analysis of early-stage triple-negative breast cancers. J. Clin. Oncol. 37, JCO1801010 (2019).
     Article Google Scholar
124. Denkert, C. et al. Tumour-infiltrating lymphocytes and prognosis in different subtypes of breast cancer: a pooled analysis of 3771 patients treated with neoadjuvant therapy. Lancet Oncol. 19, 40-50 (2018).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
125. Pruneri, G. et al. Clinical validity of tumor-infiltrating lymphocytes analysis in patients with triple-negative breast cancer. Ann. Oncol. 27, 249-256 (2016).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
126. Park, J. H. et al. Prognostic value of tumor-infiltrating lymphocytes in patients with early-stage triple-negative breast cancers (TNBC) who did not receive adjuvant chemotherapy. Ann. Oncol. 30, 1941-1949 (2019).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
127. Nanda, R. et al. Pembrolizumab in patients with advanced triple-negative breast cancer: phase Ib KEYNOTE-012 study. J. Clin. Oncol. 34, 2460-2467 (2016).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
128. Adams, S. et al. Pembrolizumab monotherapy for previously treated metastatic triple-negative breast cancer: cohort A of the phase II KEYNOTE-086 study. Ann. Oncol. 30, 397-404 (2019).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
129. Adams, S. et al. Pembrolizumab monotherapy for previously untreated, PD-L1-positive, metastatic triple-negative breast cancer: cohort B of the phase II KEYNOTE-086 study. Ann. Oncol. 30, 405-411 (2019).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
130. Cortés, J. et al. LBA21 – KEYNOTE-119: Phase III study of pembrolizumab (pembro) versus single-agent chemotherapy (chemo) for metastatic triple negative breast cancer (mTNBC). Ann. Oncol. 30, v859-v860 (2019).
     Article Google Scholar
131. Dirix, L. Y. et al. Avelumab, an anti-PD-L1 antibody, in patients with locally advanced or metastatic breast cancer: a phase 1b JAVELIN Solid Tumor study. Breast Cancer Res. Treat. 167, 671-686 (2018).
     CAS PubMed Article Google Scholar
132. Emens, L. A. et al. Long-term clinical outcomes and biomarker analyses of atezolizumab therapy for patients with metastatic triple-negative breast cancer: a phase 1 study. JAMA Oncol. 5, 74-82 (2019).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
133. Adams, S. et al. Atezolizumab plus nab-paclitaxel in the treatment of metastatic triple-negative breast cancer with 2-year survival follow-up: a phase 1b clinical trial. JAMA Oncol. 5, 334-342 (2019).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
134. Tolaney, S. M. et al. A phase Ib/II study of eribulin (ERI) plus pembrolizumab (PEMBRO) in metastatic triple-negative breast cancer (mTNBC) (ENHANCE 1). J. Clin. Oncol. 38, 1015-1015 (2020).
     Article Google Scholar
135. Schmid, P. et al. Atezolizumab and Nab-paclitaxel in advanced triple-negative breast cancer. N. Engl. J. Med. 379, 2108-2121 (2018).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
136. Schmid, P. et al. Atezolizumab plus nab-paclitaxel as first-line treatment for unresectable, locally advanced or metastatic triple-negative breast cancer (IMpassion130): updated efficacy results from a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 3 trial. Lancet Oncol. 21, 44-59 (2020).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
137. Rugo, H. S. et al. LBA20-Performance of PD-L1 immunohistochemistry (IHC) assays in unresectable locally advanced or metastatic triple-negative breast cancer (mTNBC): post-hoc analysis of IMpassion130. Ann. Oncol. 30, v858-v859 (2019).
     Article Google Scholar
138. Ribas, A. & Hu-Lieskovan, S. What does PD-L1 positive or negative mean? J. Exp. Med. 213, 2835-2840 (2016).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
139. Schmid, P. et al. Pembrolizumab for early triple-negative breast cancer. N. Engl. J. Med. 382, 810-821 (2020).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
140. Schmid, P. et al. LBA8_PR – KEYNOTE-522: phase III study of pembrolizumab (pembro) + chemotherapy (chemo) vs placebo (pbo) + chemo as neoadjuvant treatment, followed by pembro vs pbo as adjuvant treatment for early triple-negative breast cancer (TNBC). Ann. Oncol. 30, v853-v854 (2019).
     Article Google Scholar
141. Gianni, L. et al. Abstract GS3-04: Pathologic complete response (pCR) to neoadjuvant treatment with or without atezolizumab in triple negative, early high-risk and locally advanced breast cancer. NeoTRIPaPDL1 Michelangelo randomized study. Cancer Res. 80, GS3-GS04 (2020).
     Article Google Scholar
142. Voorwerk, L. et al. Immune induction strategies in metastatic triple-negative breast cancer to enhance the sensitivity to PD-1 blockade: the TONIC trial. Nat. Med. 25, 920-928 (2019).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
143. Marra, A., Viale, G. & Curigliano, G. Recent advances in triple negative breast cancer: the immunotherapy era. BMC Med. 17, 90 (2019).
     PubMed PubMed Central Article Google Scholar
144. Samstein, R. M. et al. Tumor mutational load predicts survival after immunotherapy across multiple cancer types. Nat. Genet. 51, 202-206 (2019).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
145. Yarchoan, M., Hopkins, A. & Jaffee, E. M. Tumor Mutational Burden and Response Rate to PD-1 Inhibition. N. Engl. J. Med. 377, 2500-2501 (2017).
     PubMed PubMed Central Article Google Scholar
146. Barroso-Sousa, R. et al. Prevalence and mutational determinants of high tumor mutation burden in breast cancer. Ann. Oncol. 31, 387-394 (2020).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
147. Barroso-Sousa, R. et al. Tumor mutational burden and PTEN alterations as molecular correlates of response to PD-1/L1 blockade in metastatic triple-negative breast cancer. Clin Cancer Res. 26, 2565-2572 (2020).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
148. McGranahan, N. & Swanton, C. Neoantigen quality, not quantity. Sci. Transl. Med. 11, eaax7918 (2019).
     PubMed Article CAS PubMed Central Google Scholar
149. Luksza, M. et al. A neoantigen fitness model predicts tumour response to checkpoint blockade immunotherapy. Nature 551, 517-520 (2017).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
150. Criscitiello, C. et al. A gene signature to predict high tumor-infiltrating lymphocytes after neoadjuvant chemotherapy and outcome in patients with triple-negative breast cancer. Ann. Oncol. 29, 162-169 (2018).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
151. Hendrickx, W. et al. Identification of genetic determinants of breast cancer immune phenotypes by integrative genome-scale analysis. Oncoimmunology 6, e1253654 (2017).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
152. Sharma, P. et al. Validation of the DNA damage immune response signature in patients with triple-negative breast cancer from the SWOG 9313c trial. J. Clin. Oncol. 37, 3484-3492 (2019).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
153. McGrail, D. J. et al. Multi-omics analysis reveals neoantigen-independent immune cell infiltration in copy-number driven cancers. Nat. Commun. 9, 1317 (2018).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
154. Havel, J. J., Chowell, D. & Chan, T. A. The evolving landscape of biomarkers for checkpoint inhibitor immunotherapy. Nat. Rev. Cancer 19, 133-150 (2019).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
155. Loi, S. et al. LBA13Relationship between tumor infiltrating lymphocyte (TIL) levels and response to pembrolizumab (pembro) in metastatic triple-negative breast cancer (mTNBC): results from KEYNOTE-086. Ann. Oncol. 28, v605-v649 (2017).
     Article Google Scholar
156. Schmid, P. et al. Pembrolizumab plus chemotherapy as neoadjuvant treatment of high-risk, early-stage triple-negative breast cancer: results from the phase 1b open-label, multicohort KEYNOTE-173 study. Ann. Oncol. 31, 569-581 (2020).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
157. Emens, L. A. et al. Abstract GS1-04: IMpassion130: efficacy in immune biomarker subgroups from the global, randomized, double-blind, placebo-controlled, phase III study of atezolizumab + nab-paclitaxel in patients with treatment-naïve, locally advanced or metastatic triple-negative breast cancer. Cancer Res. 79, GS1-GS04 (2019).
     Google Scholar
158. Loi, S. et al. Abstract PD5-03: relationship between tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) and outcomes in the KEYNOTE-119 study of pembrolizumab vs chemotherapy for previously treated metastatic triple-negative breast cancer (mTNBC). Cancer Res. 80, PD5-PD03 (2020).
     Article Google Scholar
159. Byrne, A. et al. Tissue-resident memory T cells in breast cancer control and immunotherapy responses. Nat. Rev. Clin. Oncol. 17, 1-8 (2020).
     Article Google Scholar
160. Sade-Feldman, M. et al. Defining T cell states associated with response to checkpoint immunotherapy in melanoma. Cell 176, 404 (2019).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
161. Coats, S. et al. Antibody-drug conjugates: future directions in clinical and translational strategies to improve the therapeutic index. Clin. Cancer Res. 25, 5441-5448 (2019).
     CAS PubMed Article Google Scholar
162. Sharkey, R. M. et al. Enhanced delivery of SN-38 to human tumor xenografts with an anti-trop-2-SN-38 antibody conjugate (Sacituzumab Govitecan). Clin. Cancer Res. 21, 5131-5138 (2015).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
163. Trerotola, M. et al. Upregulation of Trop-2 quantitatively stimulates human cancer growth. Oncogene 32, 222-233 (2013).
     CAS PubMed Article Google Scholar
164. Huang, H. et al. Aberrant expression of novel and previously described cell membrane markers in human breast cancer cell lines and tumors. Clin. Cancer Res. 11, 4357-4364 (2005).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
165. Bardia, A. et al. Sacituzumab Govitecan-hziy in refractory metastatic triple-negative breast cancer. N. Engl. J. Med. 380, 741-751 (2019).
     CAS PubMed Article Google Scholar
166. Immunomedics announces ASCENT study to be stopped for compelling efficacy [news release]. Morris Plains, New York, Immunomedics; 6 Apr 2020.
167. Rose, A. A. et al. Glycoprotein nonmetastatic B is an independent prognostic indicator of recurrence and a novel therapeutic target in breast cancer. Clin. Cancer Res. 16, 2147-2156 (2010).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
168. Yardley, D. A. et al. EMERGE: a randomized phase II study of the antibody-drug conjugate glembatumumab vedotin in advanced glycoprotein NMB-expressing breast cancer. J. Clin. Oncol. 33, 1609-1619 (2015).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
169. Vahdat, L. T. et al. Abstract P6-20-01: METRIC: a randomized international phase 2b study of the antibody-drug conjugate (ADC) glembatumumab vedotin (GV) in gpNMB-overexpressing, metastatic, triple-negative breast cancer (mTNBC). Cancer Res. 79, P6-20-01 (2019).
170. Han, H. et al. Abstract PD1-06: open label phase 1b/2 study of ladiratuzumab vedotin in combination with pembrolizumab for first-line treatment of patients with unresectable locally-advanced or metastatic triple-negative breast cancer. Cancer Res. 80, PD1-PD06 (2020).
     Article Google Scholar
171. Modi, S. et al. Antitumor activity and safety of trastuzumab deruxtecan in patients with HER2-low-expressing advanced breast cancer: results from a phase Ib study. J. Clin. Oncol. 38, JCO1902318 (2020).
     Google Scholar
172. Bianchini, G., Balko, J. M., Mayer, I. A., Sanders, M. E. & Gianni, L. Triple-negative breast cancer: challenges and opportunities of a heterogeneous disease. Nat. Rev. Clin. Oncol. 13, 674-690 (2016).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
173. Yamada, A. et al. High expression of ATP-binding cassette transporter ABCC11 in breast tumors is associated with aggressive subtypes and low disease-free survival. Breast Cancer Res. Treat. 137, 773-782 (2013).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
174. Mahmood, N. A., Abdulghany, Z. S. & Al-Sudani, I. M. Expression of aldehyde dehydrogenase (ALDH1) and ATP Binding Cassette Transporter G2 (ABCG2) in Iraqi patients with colon cancer and the relation with clinicopathological features. Int. J. Mol. Cell Med. 7, 234-240 (2018).
     CAS PubMed PubMed Central Google Scholar
175. Arumugam, A. et al. Silencing growth hormone receptor inhibits estrogen receptor negative breast cancer through ATP-binding cassette sub-family G member 2. Exp. Mol. Med. 51, 2 (2019).
     PubMed Central Article CAS PubMed Google Scholar
176. Guestini, F. et al. Impact of Topoisomerase IIalpha, PTEN, ABCC1/MRP1, and KI67 on triple-negative breast cancer patients treated with neoadjuvant chemotherapy. Breast Cancer Res. Treat. 173, 275-288 (2019).
     CAS PubMed Article Google Scholar
177. O’Connor, R. et al. A phase I clinical and pharmacokinetic study of the multi-drug resistance protein-1 (MRP-1) inhibitor sulindac, in combination with epirubicin in patients with advanced cancer. Cancer Chemother. Pharm. 59, 79-87 (2007).
     Article CAS Google Scholar
178. Peng, H. et al. A novel two mode-acting inhibitor of ABCG2-mediated multidrug transport and resistance in cancer chemotherapy. PLoS ONE 4, e5676 (2009).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
179. Wu, S. & Fu, L. Tyrosine kinase inhibitors enhanced the efficacy of conventional chemotherapeutic agent in multidrug resistant cancer cells. Mol. Cancer 17, 25 (2018).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
180. Wang, S. et al. Indomethacin-based stimuli-responsive micelles combined with paclitaxel to overcome multidrug resistance. Oncotarget 8, 111281-111294 (2017).
     PubMed PubMed Central Article Google Scholar
181. Clara, J. A., Monge, C., Yang, Y. & Takebe, N. Targeting signalling pathways and the immune microenvironment of cancer stem cells – a clinical update. Nat. Rev. Clin. Oncol. 17, 204-232 (2020).
     PubMed Article Google Scholar
182. Park, S. Y. et al. Heterogeneity for stem cell-related markers according to tumor subtype and histologic stage in breast cancer. Clin. Cancer Res. 16, 876-887 (2010).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
183. Ma, F. et al. Enriched CD44(+)/CD24(-) population drives the aggressive phenotypes presented in triple-negative breast cancer (TNBC). Cancer Lett. 353, 153-159 (2014).
     CAS PubMed Article Google Scholar
184. Lee, H. E. et al. An increase in cancer stem cell population after primary systemic therapy is a poor prognostic factor in breast cancer. Br. J. Cancer 104, 1730-1738 (2011).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
185. Zhou, S. et al. The ABC transporter Bcrp1/ABCG2 is expressed in a wide variety of stem cells and is a molecular determinant of the side-population phenotype. Nat. Med. 7, 1028-1034 (2001).
     CAS PubMed Article Google Scholar
186. Vaupel, P. Hypoxia and aggressive tumor phenotype: implications for therapy and prognosis. Oncologist 13(Suppl 3), 21-26 (2008).
     CAS PubMed Article Google Scholar
187. Cosse, J. P. & Michiels, C. Tumour hypoxia affects the responsiveness of cancer cells to chemotherapy and promotes cancer progression. Anticancer Agents Med. Chem. 8, 790-797 (2008).
     CAS PubMed Article Google Scholar
188. Lv, Y. et al. Hypoxia-inducible factor-1alpha induces multidrug resistance protein in colon cancer. Oncol. Targets Ther. 8, 1941-1948 (2015).
     CAS Article Google Scholar
189. Tan, E. Y. et al. The key hypoxia regulated gene CAIX is upregulated in basal-like breast tumours and is associated with resistance to chemotherapy. Br. J. Cancer 100, 405-411 (2009).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
190. Wilson, W. R. & Hay, M. P. Targeting hypoxia in cancer therapy. Nat. Rev. Cancer 11, 393-410 (2011).
     CAS PubMed Article Google Scholar
191. Ban, H. S. et al. The novel hypoxia-inducible factor-1alpha inhibitor IDF-11774 regulates cancer metabolism, thereby suppressing tumor growth. Cell Death Dis. 8, e2843 (2017).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
192. Soni, S. & Padwad, Y. S. HIF-1 in cancer therapy: two decade long story of a transcription factor. Acta Oncol. 56, 503-515 (2017).
     CAS PubMed Article Google Scholar
193. Friboulet, L., Soria, J. C. & Olaussen, K. A. The “Guardian of the Genome”-An Old Key to Unlock the ERCC1 Issue. Clin. Cancer Res. 25, 2369-2371 (2019).
     PubMed Article Google Scholar
194. Heyza, J. R. et al. Identification and characterization of synthetic viability with ERCC1 deficiency in response to interstrand crosslinks in lung cancer. Clin. Cancer Res. 25, 2523-2536 (2019).
     CAS PubMed Article Google Scholar
195. Isakoff, S. J. et al. TBCRC009: a multicenter phase II clinical trial of platinum monotherapy with biomarker assessment in metastatic triple-negative breast cancer. J. Clin. Oncol. 33, 1902-1909 (2015).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
196. Bae, S. Y. et al. Differences in prognosis and efficacy of chemotherapy by p53 expression in triple-negative breast cancer. Breast Cancer Res. Treat. 172, 437-444 (2018).
     CAS PubMed Article Google Scholar
197. Begalli, F. et al. Unlocking the NF-kappaB conundrum: embracing complexity to achieve specificity. Biomedicines 5, 50 (2017).
198. Messeha, S. S. et al. The inhibitory effects of plumbagin on the NF-B pathway and CCL2 release in racially different triple-negative breast cancer cells. PLoS ONE 13, e0201116 (2018).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
199. Ueng, S. H. et al. Phosphorylated mTOR expression correlates with poor outcome in early-stage triple negative breast carcinomas. Int. J. Clin. Exp. Pathol. 5, 806-813 (2012).
     CAS PubMed PubMed Central Google Scholar
200. Steelman, L. S. et al. Suppression of PTEN function increases breast cancer chemotherapeutic drug resistance while conferring sensitivity to mTOR inhibitors. Oncogene 27, 4086-4095 (2008).
     CAS PubMed Article Google Scholar
201. Stover, D. G. et al. Phase II study of ruxolitinib, a selective JAK1/2 inhibitor, in patients with metastatic triple-negative breast cancer. NPJ Breast Cancer 4, 10 (2018).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
202. Kim, A., Jang, M. H., Lee, S. J. & Bae, Y. K. Mutations of the epidermal growth factor receptor gene in triple-negative breast cancer. J. Breast Cancer 20, 150-159 (2017).
     PubMed PubMed Central Article Google Scholar
203. Park, H. S. et al. High EGFR gene copy number predicts poor outcome in triple-negative breast cancer. Mod. Pathol. 27, 1212-1222 (2014).
     CAS PubMed Article Google Scholar
204. Farabaugh, S. M., Boone, D. N. & Lee, A. V. Role of IGF1R in breast cancer subtypes, stemness, and lineage differentiation. Front Endocrinol. 6, 59 (2015).
     Article Google Scholar
205. Masuda, H. et al. Role of epidermal growth factor receptor in breast cancer. Breast Cancer Res. Treat. 136, 331-345 (2012).
     CAS PubMed Article Google Scholar
206. Ekyalongo, R. C. & Yee, D. Revisiting the IGF-1R as a breast cancer target. NPJ Precis. Oncol. 1, 1-7 (2017).
207. Yee, D. Insulin-like growth factor receptor inhibitors: baby or the bathwater? J. Natl Cancer Inst. 104, 975-981 (2012).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
208. D’Andrea, A. D. Mechanisms of PARP inhibitor sensitivity and resistance. DNA Repair 71, 172-176 (2018).
     PubMed Article CAS Google Scholar
209. Sakai, W. et al. Secondary mutations as a mechanism of cisplatin resistance in BRCA2-mutated cancers. Nature 451, 1116-1120 (2008).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
210. Norquist, B. et al. Secondary somatic mutations restoring BRCA1/2 predict chemotherapy resistance in hereditary ovarian carcinomas. J. Clin. Oncol. 29, 3008-3015 (2011).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
211. Barber, L. J. et al. Secondary mutations in BRCA2 associated with clinical resistance to a PARP inhibitor. J. Pathol. 229, 422-429 (2013).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
212. Waks, A. G. et al. Reversion and non-reversion mechanisms of resistance to PARP inhibitor or platinum chemotherapy in BRCA1/2-mutant metastatic breast cancer. Ann. Oncol. 31, 590-598 (2020).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
213. Quigley, D. et al. Analysis of circulating cell-free DNA identifies multiclonal heterogeneity of BRCA2 reversion mutations associated with resistance to PARP inhibitors. Cancer Discov. 7, 999-1005 (2017).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
214. Schlacher, K., Wu, H. & Jasin, M. A distinct replication fork protection pathway connects Fanconi anemia tumor suppressors to RAD51-BRCA1/2. Cancer Cell 22, 106-116 (2012).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
215. Ray Chaudhuri, A. et al. Replication fork stability confers chemoresistance in BRCA-deficient cells. Nature 535, 382-387 (2016).
     PubMed Article CAS PubMed Central Google Scholar
216. Sonnenblick, A., de Azambuja, E., Azim, H. A. Jr & Piccart, M. An update on PARP inhibitors-moving to the adjuvant setting. Nat. Rev. Clin. Oncol. 12, 27-41 (2015).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
217. Pettitt, S. J. et al. Genome-wide and high-density CRISPR-Cas9 screens identify point mutations in PARP1 causing PARP inhibitor resistance. Nat. Commun. 9, 1849 (2018).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
218. Johnson, N. et al. Stabilization of mutant BRCA1 protein confers PARP inhibitor and platinum resistance. Proc. Natl Acad. Sci. USA 110, 17041-17046 (2013).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
219. Noordermeer, S. M. et al. The shieldin complex mediates 53BP1-dependent DNA repair. Nature 560, 117-121 (2018).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
220. Dev, H. et al. Shieldin complex promotes DNA end-joining and counters homologous recombination in BRCA1-null cells. Nat. Cell Biol. 20, 954-965 (2018).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
221. Xu, G. et al. REV7 counteracts DNA double-strand break resection and affects PARP inhibition. Nature 521, 541-544 (2015).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
222. Syn, N. L., Teng, M. W. L., Mok, T. S. K. & Soo, R. A. De-novo and acquired resistance to immune checkpoint targeting. Lancet Oncol. 18, e731-e741 (2017).
     PubMed Article PubMed Central Google Scholar
223. Brown, J. S., Sundar, R. & Lopez, J. Combining DNA damaging therapeutics with immunotherapy: more haste, less speed. Br. J. Cancer 118, 312-324 (2018).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
224. Chen, D. S. & Mellman, I. Elements of cancer immunity and the cancer-immune set point. Nature 541, 321-330 (2017).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
225. Nelson, B. H. CD20+ B cells: the other tumor-infiltrating lymphocytes. J. Immunol. 185, 4977-4982 (2010).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
226. Rodriguez-Pinto, D. B cells as antigen presenting cells. Cell Immunol. 238, 67-75 (2005).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
227. DeNardo, D. G., Andreu, P. & Coussens, L. M. Interactions between lymphocytes and myeloid cells regulate pro- versus anti-tumor immunity. Cancer Metastasis Rev. 29, 309-316 (2010).
     PubMed PubMed Central Article Google Scholar
228. Kim, I. S. et al. Immuno-subtyping of breast cancer reveals distinct myeloid cell profiles and immunotherapy resistance mechanisms. Nat. Cell Biol. 21, 1113-1126 (2019).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
229. Li, Q. et al. Low-dose anti-angiogenic therapy sensitizes breast cancer to PD-1 blockade. Clin. Cancer Res. 26, 1712-1724 (2020).
     PubMed PubMed Central Google Scholar
230. Gopalakrishnan, V., Helmink, B. A., Spencer, C. N., Reuben, A. & Wargo, J. A. The influence of the gut microbiome on cancer, immunity, and cancer immunotherapy. Cancer Cell 33, 570-580 (2018).
     CAS PubMed PubMed Central Article Google Scholar
231. Peng, W. et al. Loss of PTEN promotes resistance to T cell-mediated immunotherapy. Cancer Discov. 6, 202-216 (2016).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
232. Schmid, P. et al. Abstract CT049: phase Ib study evaluating a triplet combination of ipatasertib (IPAT), atezolizumab (atezo), and paclitaxel (PAC) or nab-PAC as first-line (1L) therapy for locally advanced/metastatic triple-negative breast cancer (TNBC). Cancer Res. 79, CT049 (2019).
     Google Scholar
233. Popova, T. et al. Ploidy and large-scale genomic instability consistently identify basal-like breast carcinomas with BRCA1/2 inactivation. Cancer Res. 72, 5454-5462 (2012).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
234. Riaz, N. et al. Pan-cancer analysis of bi-allelic alterations in homologous recombination DNA repair genes. Nat. Commun. 8, 857 (2017).
     PubMed PubMed Central Article CAS Google Scholar
235. Juric, D. et al. Convergent loss of PTEN leads to clinical resistance to a PI(3)Kalpha inhibitor. Nature 518, 240-244 (2015).
     CAS PubMed Article PubMed Central Google Scholar
236. Razavi, P. et al. Alterations in PTEN and ESR1 promote clinical resistance to alpelisib plus aromatase inhibitors. Nat. Cancer 1, 382-393 (2020).
     PubMed PubMed Central Article Google Schola